První historická zpráva o Libenicích je z roku 1142, kdy ves náležela Sedleckému klášteru. Klášter ji v roce 1396 prodal i se dvorem králi Václavu IV., takže je nadále královským majetkem. Po husitských válkách obec císař Zikmund zastavoval a zástavní držitelé se rychle střídali: Eringer ze Steinsheimu (1422), Hanuš z Rychnova (1437) a Hynek a Pavel ze Zaloňova (1440–1454). Král Vladislav zastavil Libenice do držení Bohuše Kostky z Postupic (1498) a v roce 1499 Janu Janovskému ze Soutic. Zakrátko převzal Libenice Jan z Práchňan a po něm Václavov a Bohuslav Lorecký ze Lkouše (1505). V roce 1524 koupila ves Kateřina z Lichtenberka, vdova po Burjanovi Trčkovi z Lípy, jejímž zástupcem se stal roku 1530 Jan starší Trčka z Lípy. V únoru roku 1538 prodal Jan Trčka tvrz i ves Libenice Václavu Popelovi z Vesce. Ten ji v roce 1540 postoupil jako zástavu Jindřichu Smíškovi z Vrchovišť, zakladateli zemanského rodu Libenických z Vrchovišť. Po Jindřichově násilné smrti se panství ujal v roce 1553 jeho syn Beneš Libenický z Libenic a po něm v roce 1570 druhorozený syn Jan Libenický s manželkou. V roce 1593 vyplatil libenické panství císař Rudolf II. ze zástavy a spojil ho trvale (s výjimkou let 1611–15) s kolínským panstvím. V roce 1778 zrušila císařská správa libenický dvůr a pozemky rozdělila mezi obyvatele obce, součástí kolínského panství zůstaly Libenice až do zrušení patrimoniální správy v roce 1848.
Zajímavostí je, že po Libenicích byla pojmenována planetka 4823 (Libenice), objevená Antonínem Mrkosem 4. října 1986 na Kleti.
Karel Havlíček Borovský (* 31. 10. 1821 Borová u Přibyslavi – † 29. 7. 1856 Praha) - český básník, novinář a politik, v roce 1850 navštívil v Libenicích usedlost pana Mojžíše.
Josef Košín z Radostova (* 14. 9. 1832 Libenice – † 10. 11. 1911 Praha) - český advokát a spisovatel, autor zejména původních pohádek (O drakovi a jiné pohádky, O Bumbrlíčkovi a jiné pohádky).
Název obce je slovanského původu a odvozuje se od osobního jména Ljuben, který byl zřejmě místním velmožem či vladykou. Jde tedy o ves lidí Ljubenových (Ljubenice).
Podvýborem pro heraldiku a vexilologii Poslanecké sněmovny Parlamentu České republiky byl dne 14. prosince 2018 usnesením č. 23 schválen znak a prapor obce. Jeho autorem je heraldik Mgr. Jan Tejkal, který sestavil tak zvaný „mluvící znak“, na kterém je ve zlaté horní části červený kalichem (evangelická modlitebna) mezi dvěma odkloněnými vztyčenými zelenými dubovými listy (památný dub na hřbitově) a v dolní modré části zlatá hlava jednorožce (znak Libenických z Vrchovišť).
Libenice jsou dnes samostatnou obcí, katastrální výměra činí 4,82 km² a žije zde 322 stálých obyvatel (1. ledna 2019).
Libenice leží 6 kilometrů jihovýchodně od Kolína v nadmořské výšce 221 metrů.