Hluboký Důl založil hrabě Hanuš Bedřich z Trauttmansdorfu v roce 1669 na zpustlých pozemcích statků patřících k Nebovidů. Nejprve byl postaven na Nebovidském potoce mlýn, ale ještě v roce 1760 bylo v Hlubokém Dole pouze 7 chalup a 39 obyvatel. V roce 2011 to již bylo 108 domů a 316 obyvatel.
Hluboký Důl je katastrální součástí obce Nebovidy.
Hluboký Důl leží 3 kilometry jižně od Kolína v nadmořské výšce 236 metrů.