Ves Pečky vznikla nejspíše v průběhu ranné kolonizace ve 12. století, k roku 1225 se vzpomíná jakýsi Jan z Peček (Jan de Pecek), člen družiny krále Přemysla Otakara I., není však zřejmé, zda jde o tyto Pečky nebo druhé Pečky na Kolínsku. První nezpochybnitelná písemná zmínka o vsi pochází z roku 1333, kdy zde měli majetek bratři Zdislav z Peček (Zdyczlaus de Peczk) a Václav z Bohouňovic (Waczlaus de Bohunowicz). V roce 1359 se připomíná jako jediný majitel Jarohněv z Peček, zřejmě syn Zdislava. V letech 1370 až 1406 se jako majitelé vsi s podacím právem k místnímu kostelu uvádějí páni z Bohouňovic, kteří tvořili s pány z Peček jednu rodinu. Během husitských válek nejsou o vsi žádné zprávy, pouze v roce 1458 se v Kutné Hoře uvádí perkmistr (úředník, který má na starosti vinice) Jan z Peček. V letech 1473 až 1504 byla obec v majetku Mírků ze Solopysk, poté do roku 1520 Dobřeňských z Dobřenic, následovali Hanikýřové ze Semína (do roku 1530) a Pařízkové z Pařízku. V roce 1538 prodal Václav z Pařízku panství Václavu Hrabáňovi z Přerubenic. Jeho potomkům pak patřilo až do roku 1623, kdy Pečky od Kateřiny Lukavecké z Přerubenic koupil spolu s dalšími obcemi kutnohorský mincmistr Vilém z Vřesovic. Ten je po několika letech držení prodal ve značně sešlém stavu roku 1628 nizozemskému bankéři Hanuši de Vitte z Lilienthalu, který ovšem v říjnu roku 1630 spáchal sebevraždu.
Pečecké panství připadlo jeho věřitelům, než ale došlo k prodeji, v roce 1634 ho během třicetileté války ještě více zpustošilo saské vojsko. Dne 19. listopadu 1635 od věřitelů koupil Pečky císařský dvorní rada a právník Jošt Gebhard (*1588 - † 8. listopadu 1656), dne 20. března 1636 povýšený do rytířského stavu s přídomkem z Peček. Za jeho vlády bylo panství v letech 1639-40 opět zplundrováno, tentokrát vojskem švédským. Zpustošené a zadlužené panství prodal Jošt Gebhard dne 18. ledna 1655 hraběti Hanuši Fridrichovi z Trautmansdorfu. Ten panství zkonsolidoval a výrazně rozšířil. Jeho syn František Adam prodal Pečky, ke kterým patřila vlastní obec, dvůr se zámkem a dalších 10 dvorů a 29 vsí dne 5. dubna 1713 Karlu Jáchymovi Bredovi z Erbassu. Ten ovšem panství postupně zadlužil, až upadlo v roce 1734 do konkurzu. Administrátorem se stal Isidor Václav Obytecký z Obytec, který nechal v roce 1736 sestavit podrobný popis panství a zahájil jeho postupný rozprodej. Červenopečecké panství se výrazně zmenšilo oproti stavu v roce 1713, kromě zámku, dvora a vsi Peček k němu náleželo již jen 11 vsí. Toto panství bylo v roce 1738 postoupeno jako náhrada za dluhy patronátním kostelům pražského arcibiskupství, které ho v roce 1754 prodalo Ignáci Kochovi, sekretáři císařovny Marie Terezie. Ten 10. května 1755 dosáhl u císařovny povýšení Peček na městečko (městys).
Poslední změna majitelů nastává v roce 1794, kdy panství Pečky od Bohumíra Kocha koupil Leopold Hrubý z Gelenj (Jelení). Ve druhé polovině 19. století za svobodného pána Bohdana (Theodora) Hrubého z Gelenj (Jelení), milovníka umění, zažívají Pečky velký rozkvět. Na místní škole působil kapelník František Kmoch, který byl častým návštěvníkem na zámku, a spisovatel František Flos, autor „Lovců orchidejí“. Díky zálibě pana Bohdana v botanice se na přelomu 19. a 20. století pěstovaly a šlechtily v zámeckých sklenících okrasné rostliny, zejména orchideje (dokonce zde vypěstovaného a v roce 1882 uznaného druhu Acineta hrubyana), jejichž kolekce patřila k jedné z nejslavnějších v Evropě. Zdobily císařské sídlo a dodnes je najdeme v zámku Schönbrunn ve Vídni nebo v botanické zahradě v Praze.
Dne 20. března 1996 rozhodl Okresní úřad v Kolíně o zřízení chráněné památkové zóny zahrnující nejstarší zástavbu kolem kostela P. Marie, náměstí s přilehlou zástavbou a zámecký areál o rozloze cca 20 ha.
Dne 10. října 2006 byl Červeným Pečkám vrácen status městyse.
Rod Hrubých z Gelenj (Jelení) - viz samostatný list.
Vilém Fukner (* 20. 2. 1830 Červené Pečky - † 3. 4. 1906 Praha) - vrchní hospodářský správce panství Thurn-Taxisů, později průmyslník v Přibyslavi. Ve své závěti založil nadaci pro chudé žáky červenopečecké školy.
František Jelínek (* 7. 12. 1860 Červené Pečky - † 23. 7. 1941 Ždánice) - učitel, odborný publicista, redaktor časopisů Přítel lidu a Jaro mládí, autor První národní čítanky.
František Flos (* 27. 7. 1864 Přelouč - † 8. 1. 1961 Praha) - český učitel, dramatik, spisovatel (zakladatel dobrodružné literatury pro mládež), překladatel z francouštiny, představitel tzv. žánrového realismu, v letech 1889-91 a 1894 - 1904 působil jako učitel v Červených Pečkách.
František Kmoch (* 1. 8. 1848 Zásmuky - † 30. 4. 1912 Kolín) - významný český hudební skladatel a kapelník, v letech 1870-72 působil jako učitel v Červených Pečkách.
Rudolf Bergman (* 15. 7. 1876 Červené Pečky - † 23. 1. 1940 Nová Ves pod Pleší) - český agrární politik, od roku 1920 československý poslanec a senátor Národního shromáždění za Československou národní demokracii (Národní sjednocení).
Josef Matouš (* 21. 6. 1881 Červené Pečky - † 4. 1. 1971 Praha) - středoškolský profesor, literární kritik a významný překladatel z polštiny.
Václav Pivoňka (* 15. 7. 1885 Červené Pečky - † 7. 10. 1964 Jimramov) - autor tří jimramovských mechanických vyřezávaných betlémů, zručný modelář a kutil. Dne 9. září 1909 se oženil s Antonií Slaninovou z Jimramova, kam se odstěhoval a zůstal tam až do své smrti.
František Dvořák (* 28. 11. 1896 Červené Pečky - † 10. 6. 1943 Drážďany, Německo) - významný regionální archeolog a český odbojář.
Josef Cikán (* 22. 11. 1914 Červené Pečky - † 1. 4. 1985 Praha) - československý voják a účastník operace Glucinium (krací název pro paradesantní výsadek na území protektorátu v roce 1944 z Anglie).
Původní název Pečky byl v roce 1538 doplněn na Pečky Hrabáňovy podle majitele panství Václava Hrabáně z Přerubenic, od roku 1868 nese městečko nový název Červené Pečky, který se odvozuje zřejmě podle barvy stěn místního kostela Narození Panny Marie nebo podle natření Zámeckého pivovaru volskou krví. V blízkém okolí jsou ještě jedny Pečky, původ tohoto slova je ale nejasný. Mohl se vyvinout ze staročeského "pičit se" tedy vyčnívat, ukazovat se - obec je na vyšším místě než okolní rovinatá krajina Polabí, nebo z německého "petschieren", což znamená pečetit.
Podvýborem pro heraldiku a vexilologii Poslanecké sněmovny Parlamentu České republiky byl dne 30. listopadu 2007 usnesením č. 28 schválen znak a prapor obce. Znak tvoří červený štít, ve kterém je zlatý heroldský kříž s osmi černými přivrácenými krokvemi, uprostřed doplněný zlatým štítkem s černou jelení hlavou s krkem a hrudí, znakem rodiny Hrubých z Gelenj (Jelení). Prapor tvoří červený list se žlutým středovým křížem s rameny širokými osminu délky listu, na kříži černé krokve s rameny širokými osminu šířky listu s vrcholy do středu listu, kde je žluté kruhové pole s černou hlavou jelena s krkem a hrudí.
Červené Pečky jsou dnes samostatným městysem, jehož součástí jsou od roku 1979 obce Bohouňovice I, Bojiště, Bořetice, Čertovka, Dobešovice, Dolany, Malá Vysoká, Opatovice a dvůr Hranice. Katastrální výměra činí 16,17 km² a žije zde 1 947 stálých obyvatel (1. ledna 2022).
Červené Pečky leží 5,5 kilometru jižně od Kolína v nadmořské výšce 285 metrů.