První dochovaná písemná zmínka o Cerhenicích pochází z listiny datované 23. května 1295, podle které se Oldřich z Cerhenic (Ulricus de Chyrhinitz) zúčastnil jako jiní vladykové z regionu coby svědek vyměření nového újezdu při relokaci vesnice Bylany, kterou král Václav II. daroval ten den pražskému biskupství. V roce 1340 byla ves rozdělena na tři díly, do rukou jediného majitele ji spojil až v polovině 15. století Jan Horka z Cerhenic, po němž v roce 1474 připadly jako odúmrť králi Vladislavovi II. Někdy kolem roku 1520 dosáhla Eliška ze Střížkova povýšení Cerhenic na městečko, nicméně charakter skutečného města nikdy nezískaly. V roce 1524 se vzpomínají jako majitelé Cerhenic Jan a Burian z Dražovic, od nichž je v roce 1550 koupil David Střela z Rokyc. V této době, tedy v polovině 16. století zde měla sídlo Jednota českých bratří a byla založena první škola. Za třicetileté války (1618–48) byly Cerhenice úplně vylidněny, neboť vesnice byla vypálena a obyvatelé pobiti nebo rozptýleni do okolí. Po skončení války se městečko začalo opět vzmáhat, dne 20. dubna 1678 udělil císař Leopold I. Cerhenicím trhové výsady na čtyři výroční trhy a jeden týdenní trh. Skutečný rozvoj však nastal až po roce 1690, kdy se staly majetkem Šternberků; v roce 1718 zde již opět bylo 32 usedlostí, které však z větší části poškodil velký požár obce. V roce 1758 prodal František ze Šternberka obec císařovně Marii Terezii jako nadaci pro nově zřizovaný Ústav šlechtičen na Hradčanech v Praze, jehož součástí zůstaly až do zrušení patrimoniální správy po roce 1848.
V letech 1850-69 patřila obec do okresu Kouřim, od té doby je součástí okresu Kolín Dne 23. ledna 2007 byl Cerhenicím vrácen status městyse.
Jan Bohumír Dlabač (* 17. 7. 1758 Cerhenice – † 4. 1. 1820 Praha) - historik a zakladatel historického oddělení strahovské knihovny a správce premonstrátské knihovny, ředitel chrámové hudby a správce premonstrátského archivu. Je autor prvních českých obrozeneckých veršů, překládal z němčiny a latiny a spolu s Vojtěchem Nejedlým a Šebestiánem Hněvkovským přeložil poprvé do češtiny zpěvy z Mozartovy opery Kouzelná flétna. V Cerhenicích má památník.
František Jaromír Rubeš (* 16. 1. 1814 Čížkov – † 10. 8. 1853 Skuteč) - básník, prozaik a kulturní buditel na Kolínsku, mládí prožil v Cerhenicích, po přestěhování do Kolína organizoval divadelní představení a vlastenecké zábavy a budil národní sebevědomí.
František Blecha st. (* 27. 7. 1842 Cerhenice – † 21. 1. 1929 Plzeň) - kapelník v Cerhenicích, učitel hudby hudby v Plzni, od roku 1887 kapelník sokolské hudby, autor tanečních skladeb pro dechový a smyčcový orchestr.
František Blecha ml. (* 2. 1. 1880 Cerhenice – † 21. 12. 1915 Slezsko) - houslista (v l. 1907-12 v Sofii, 1913-14 v Moskvě), kapelník vojenské hudby a sboru vojenských vysloužilců v Plzni, od roku 1905 kapelník sokolské hudby, autor tanečních a pochodových skladeb.
Alois Žert (* 21. 7. 1858 Cerhenice – † 16. 12. 1932 Frýdek-Místek) - český ovocnář a pedagog, který se výrazně zasloužil o rozvoj ovocnářství a zelinářství na severovýchodní Moravě a Slezsku.
Alois Kraus (* 8. 2. 1863 Cerhenice – † ?) - geograf, podnikl řadu cest, z nichž nejvýznamnější byla cesta na Cejlon a do Indie, pedagog na pražské německé obchodní akademii a na vysoké obchodní škole ve Frankfurtu nad Mohanem, autor řady odborných publikací.
Josef Vedlich (* 23. 3. 1874 Cerhenice – † 1945 Praha) - architekt a projektant řady našich přehrad, například Les Království u Dvora Králové nad Labem (1920), vodní nádrž Vranov (1930-33) nebo vodní nádrž Rozkoš (stavěna po jeho smrti od roku 1951).
Blanka Vedlichová-Waleská (* 19. 5. 1910 Cerhenice – † 6. 7. 1986 Praha) - významná česká herečka, absolventka dramatického oddělení pražské konzervatoře, v letech 1948-76 členka činohry Národního divadla. Na jejím rodném domě je pamětní deska.
Hana Štočková (* 18. 5. 1920 Cerhenice – † 6. 3. 1994 Mělník) - malířka realistických krajin z oblasti Polabí, architektonických motivů a stromů, tvořila technikou akvarelu.
Eliška Horelová (* 23. 5. 1925 Cerhenice – † 30. 8. 2015 Praha) - česká prozaička, věnující se literatuře pro mládež, autorka významné historické trilogie Zdivočelá voda, Strhané hráze a Potopa (1973-79). V roce 1984 byla zapsána na čestnou listinu H. Ch. Andersena.
Název městyse pochází od osobního jména Crh nebo Crha, což byl v období středověku domácký tvar jména Cyril, a znamená tedy ves lidí Crhových. V průběhu staletí se název obce zapisoval ve tvaru Chyrhinicze (1295), Czyrhinycze (1381), Czirhinicze (1395), Czrhynicze (1408), Crhenice (1462), Cerhenice (1509) a Czerhenicze (1634). Název používaný v 16. století se ustálil ve století 19. a od té doby se název obce nezměnil.
Podvýborem pro heraldiku a vexilologii Poslanecké sněmovny Parlamentu České republiky byl dne 23. listopadu 1995 usnesením č. 73 schválen znak obce a dne 18. března 2003 usnesením číslo 17 prapor obce, jeho autorem je heraldik Stanislav Kasík. Znak tvoří červeno-modře polcený štít se zlatou gotickou literou C vpravo a stříbrným zbrojnošem opírajícím se o meč vlevo, vlajku tvoří modrý žerďový pruh, široký jednu třetinu délky listu, a dva vodorovné pruhy, žlutý a červený. V modrém pruhu je bílý čelně stojící zbrojnoš opírající se o meč.
Cerhenice jsou dnes samostatným městysem, jehož součástí jsou obce Cerhýnky a Radimek. Katastrální výměra činí 10,63 km² a žije zde 1 668 stálých obyvatel (1. ledna 2016).
Cerhenice leží 11 km západně od Kolína v nadmořské výšce 209 metrů.