Ves vznikla zřejmě již v průběhu 11. století, ve 2. pol. 13. století se nazývala Bor. V roce 1278 ji koupil sedlecký klášter, založil zde hospodářský dvůr a v roce 1352 je obec písemně doložena jako Bor Svatého Mikuláše (Bora S. Nicolai), od 2. pol. 15. století zkráceně Svatý Mikuláš. V roce 1407 zastavil klášter ves Kateřině Anně z Házmburka s podmínkou, že po její smrti se opět vrátí do majetku kláštera, což se opravdu stalo po smrti Kateřiny v roce 1419. V roce 1436 připadl Svatý Mikuláš ke kolínskému panství Bedřicha ze Strážnice a s kolínským panstvím pak připadl roku 1459 Jiřímu z Poděbrad a v roce 1472 Hynka Minsterberského. V roce 1486 připadlo zboží královské koruně, v jejímž držení bylo s výjimkou let 1502–06, kdy bylo panství zastaveno Mikuláši Trčkovi z Lípy, až do roku 1593. V tomto roce vzniká novodvorské panství Kašpara Melichara ze Žerotína a Svatá Kateřina byla do tohoto panství začleněna. V roce 1639 byla obec vypálena Švédy a ještě v roce 1660 byla polovina gruntů i panský dvůr prázdná. Až v roce 1679 nechal hrabě Věžník znovu zřídit panský dvůr a opuštěné chalupy nabídl novým obyvatelům. K panství Nové Dvory patřil Svatý Mukuláš až do zrušení patrimoniální správy po roce 1848, dvůr ale patřil nadále Chotkům, majitelům zámku Kačina a Nové Dvory.
Od roku 1850 je Svatý Mikuláš samostatnou obcí okresu Kutná Hora, v letech 1960-90 tzv. "střediskovou obcí", do které byla přiřazena sousední Svatá Kateřina, která je sočádstí Svatého Mikuláše dodnes.
Jan Svoboda Mikulášský (* 23. 4. 1852 Svatý Mikuláš – † 18. 5. 1920 Praha) - učitel, spisovatel a hudební skladatel, vydavatel časopisu Besídka malých, autor veršů a drobných próz pro mládež.
Původ názvu obce se odvozuje od zasvěcení zdejšího kostela sv. Mikuláše. Za socialismu se v letech 1950–90 obec jmenovala pouze Mikuláš.
Podvýborem pro heraldiku a vexilologii Poslanecké sněmovny Parlamentu České republiky byl dne 19. května 1998 usnesením č. 50 schválen znak a prapor obce. Znak tvoří modrý štít se stříbrným sníženým vydutým hrotem se třemi červenými jablky, na kterém stojí dva zlatí vztyčení medvědi s červenou zbrojí, držící nad hrotem stříbrnou, zlatě zdobenou mitru. Vlajku tvoří tři vodorovné pruhy: modrý, bílý a červený, na modrém a bílém pruhu jsou dva žlutí vztyčení medvědi s bílými zuby, červeným jazykem a drápy, držící bílou, žlutě zdobenou a červeně podšitou mitru.
Svatý Mikuláš je dnes samostatnou obcí, jeho součástí je obec Svatá Kateřina a zaniklá ves Kačina se zámkem. Katastrální výměra činí 17,82 km² a žije zde 843 stálých obyvatel (1. ledna 2016).
Svatý Mikuláš leží 11,5 kilometrů jihovýchodně od Kolína v nadmořské výšce 206 metrů.