Habrkovice byly založeny v průběhu 14. století Sedleckým klášterem a zůstaly v jeho držení do dubna 1421, kdy byl klášter vyvrácen Husity. V roce 1478 ale byly za opata Jošta (Jodoka) opět připojeny ke klášternímu zboží. V letech 1619-81 pak byly v majetku města Kutné Hory, než je zpět získal opat Vojtěch Kams do majetku kláštera. V té době se také vzpomíná jako majitel jednoho z dvorů Ferdinand Rabenhap ze Suché. Po zrušení kláštera v roce 1783 připadly Habrkovice s ostatním zbožím náboženskému fondu, který je v roce 1819 prodal knížeti Karlu ze Schwarzenberga. Ten je přičlenil ke svému sedleckému panství a jeho součástí zůstaly až do zrušení patrimoniální správy v roce 1848.
Jan Kopecký (* 13. 10. 1919 Habrkovice – † 20. 12. 1992 Praha) - divadelní historik, kritik a dramaturg, do roku 1971 vedoucí katedry dějin a teorie divadla Filozofické fakulty Univerzity Karlovy, souběžně v letech 1968-69 náměstek ministra kultury. Když v roce 1971 obdržel zákz publikování, používal pseudonym Tomáš Záruba a anonymně ve své publikační činnosti pokračoval. V roce 1990 se na krátko vrátil k pedagogické práci.
Název obce se odvozuje od toho, že po vymýcení lesa Bor byla první osada založena v místech, kde rostly habry.
Habrkovice jsou administrativní součástí obce Záboří nad Labem, jejich vlastní katastrální území činí 3,3 km².
Habrkovice leží 13 kilometrů jihovýchodně od Kolína na levém břehu řeky Doubravy v nadmořské výšce 207 metrů.