Ves Malotice byla založena na počátku 13. století na důležité cestě z Kouřimi do Sázavy a dále do Vlašimi. Její význam při určení směru této komunikace dokládala i skutečnost, že jedna z hlavních kouřimských bran nesla název „Malotická“. V písemných pramenech se Malotice poprvé připomínají v listině datované 23. května 1295, podle které se Sláva z Malotic zúčastnil jako jiní vladykové z regionu coby svědek vyměření nového újezdu při relokaci vesnice Bylany, kterou král Václav II. daroval ten den pražskému biskupství. V průběhu 14. století byly Malotice rozděleny mezi několik zemanů, užívajících přídomku z Malotic a později mezi bohaté kutnohorské měšťany Františka Gysera a Martina Puše. V roce 1395 vesnici držel Martin z Malotic, po němž nejspíše od roku 1400 následovali bratři Jakub a Václav z Doubravice. Před rokem 1412 získal Malotice Jindřich Rohlík z Trhlavy, jehož potomci zde vládli až do konce 15. století, a za jejich vlády se trvalou součástí malotického zboží staly nedaleké vsi Horní a Dolní Lhota (dnes Lhotky). Nejspíše v roce 1498 koupil Malotice od dědiců po Ctiborovi Rohlíkovi z Trhlavy pan Oldřich Popel z Vesce, který v roce 1508 získal také nedaleké Zásmuky. Oldřichův syn Václav Popel z Vesce pak roku 1519 malotický statek postoupil svým strýcům Janovi a Jakubovi. Nedlouho poté však panství získal Václav Říčanský z Říčan, po němž majetek zdědili jeho synové Kryštof a Vok. Za vlády Popelů z Vesce a pánů z Říčan dosáhlo malotické panství nového hospodářského rozkvětu, který vzešel z rozvoje podnikatelských aktivit členů těchto šlechtických rodů, přičemž kolem roku 1550 dosál Vok z Říčan povýšení Malotic na poddanské městečko s právem pořádat dva výroční trhy. V roce 1557 prodal jeho syn Jan mladší z Říčan Malotice s příslušnými statky svým příbuzným Zdislavovi a Karlovi Říčanským z Říčan, kteří je připojili ke svému zásmuckému panství, jehož součástí byly až do zrušení patrimoniální správy po roce 1848.
Ve druhé polovině 19. století nastal velký rozvoj obce a Malotice postupně dosáhly historického maxima v počtu obyvatel, v roce 1890 zde žilo 461 osob. V roce 1882 byla založena místní Čtenářská beseda, o sedm let později vznikl Sbor dobrovolných hasičů, roku 1898 malotická organizace Katolické národní jednoty, a v roce 1904 Podpůrný spolek mládeže „Lidumil“. Každý z nich měl několik desítek členů. Na přelomu 19. a 20. století v Maloticích působila poštovní stanice a pobočka Reiffeisenovy záložny. V obci byly v provozu dva hostince a tři kupecké krámy (z toho jeden s pekařstvím), dále zde svoje živnosti provozovali čtyři zedníci, tři obuvníci, dva koláři, kovář a krejčí. Ostatní obyvatelé se živili výhradně zemědělstvím. Po skončení druhé světové války a nástupu komunistického režimu v roce 1948 došlo k postupné ztrátě významu obce a umrtvení jejího hospodářského i společenského života - byly zakázány a zrušeny veškeré soukromé živnosti, roku 1952 došlo násilnou kolektivizací ke vzniku místního Jednotného zemědělského družstva, následně se výrazně snížil počet obyvatel vesnice, takže v roce 1970 zde žilo jen 197 obyvatel, což bylo pouhých 42% stavu z konce 19. století.
František Ladislav Hovorka (* 12. 8. 1881 Malotice – † 19. 1. 1929 Rokycany) - hudební skladatel (žák Zdeňka Fibicha), varhaník, sbormistr, dirigent, hudební pedagog, odborný publicista.
František Jásek (* 13. 9. 1891 Vokov – † 20. 1. 1953 Terezín) - katolický kněz, zatčený v roce 1943 gestapem za protifašistický odboj a vězněn v Terezíně a na Pankráci až do konce války, za komunistického režimu v letech 1951-52 neoprávněně vězněn na Borech, v posledním roce života byl administrátorem v Maloticích a Horních Krutech; jako politický vězeň byl rehabilitován v roce 1990.
Název obce je odvozen od osobního jméno Malota, tedy ves lidí Malotových. Tvar názvu se od středověku nezměnil, jeho písemná podoba se liší pouze v závislosti na gramatické zdatnosti písaře a uvádí se jako Maloticze (1295), Maleticze (1495), Maletice (1519), Maloticze (1557) a nakonec Malotice (1895).
Podvýborem pro heraldiku a vexilologii Poslanecké sněmovny Parlamentu České republiky byl dne 12. května 2016 usnesením č. 49 schválen znak a prapor obce. Autorem návrhu je heraldik Miroslav J. V. Pavlů. Jedná se tak zvaný „mluvící znak“, kteří tvoří červeno-modře polcený štít (erbovní barvy Říčanských a Kinských), v pravé části stříbrná polovina leknínového trojlistu (znak pánů z Říčan) provázená zlatou osmihrotou hvězdou (znak pánů ze Šternberka), v levé části zlatá, ostřím doleva obrácená halapartna bez ratiště (atribut sv. Matouše, patrona místního kostela). Vlajku tvoří dva svislé pruhy, červený a modrý. V druhé a třetí třetině šířky červeného pruhu polovina bílého leknínového trojlistu provázená mezi listy žlutou osmicípou hvězdou, v první a druhé třetině šířky modrého pruhu žlutá halapartna bez ratiště, ostřím k vlajícímu okraji listu.
Malotice jsou dnes samostatnou obcí, jejích součástí je obec Lhotky. Katastrální výměra činí 8,57 km² a žije zde 355 stálých obyvatel (1. ledna 2022).
Malotice leží 4 kilometry jižně od Kouřimi (17,5 kilometru jihozápadně od Kolína) v nadmořské výšce 315 metrů.