Ves Dobřeň se poprvé připomíná v roce 1310, kdy zde měl majetek Heřman z Dobřeně, jehož potomkům náležela větší část vsi až do roku 1464. Menší část vsi získal v polovině 15. století král Jiří z Poděbrad, který ji v roce 1459 zastavil kolínskému měšťanu Jiřímu Hášovi z Újezda, ale na konci 15. století ji ze zástavy vykoupil kutnohorský hofmistr Michal z Vrchovšť. Ten kolem roku 1500 spojil obě části vsi a jeho syn Jindřich je již zmiňován jako jediný majitel celé vsi. V roce 1516 od pánů z Vrchovišť koupil Dobřeň Samson z Fulštejna, po něm se v 1. polovině 16. století vystřídal v jejím držení Jan Žatecký z Vajkrštorfu a v roce 1543 ji koupil Jindřich Voděradský z Hrušova. Jeho syn Jiří spojil pak Dobřeň se suchdolským panstvím. V roce 1604 od své ženy Kateřiny Voděradské odkoupil Dobřeň Ondřej Horňatecký z Dobročovic a připojil ji ke svému zbraslavickému panství. V roce 1644 od Jiřího Arnošta Horňateckého koupil dobřeňské zboží Jan Kamberský z Kamberka a ten ho v roce 1648 prodal majiteli Suchdola Jindřichu Volfovi Berkovi z Dubé, který Dobřeň trvale připojil k Suchdolu. S ním se v roce 1776 stala součástí malešovského panství, ke kterému náležela až do zrušení patrimoniální správy v roce 1848.
Od roku 1850 byla Dobřeň samostatnou obcí v okrese Kutná Hora, v roce 1960 byla připojena ke "střediskové obci" Suchdol.
Zdeněk V. Přibík (* 3. 4. 1892 Dobřeň - † 18. 2. 1977 Mělník) - vlastním jménem Josef Kropáček, český básník a autor historických povídek, propagátor dorozumění mezi Čechy a Slováky, ve 2. světové válce byl zapojen do československého odboje.
Obec se původně psala jako Dobrzien (1310) a její jméno je odvozeno z osobního jména Dobřeň.
Dobřeň je dnes administrativní součástí městyse Suchdol (Kutná Hora), její vlastní katastrální území činí 6,63 km².
Dobřeň leží 10 kilometrů jihozápadně od Kolína v nadmořské výšce 364 metry.