Tvrz v Dobřeni se poprvé připomíná až v roce 1543, přestože již od roku 1310 se připomínají pánové z Dobřeně. V tomto roce jeden z dalších majitelů vsi, kutnohorský erbovní měšťan Jan Žatecký z Veckerstorfu, prodával Dobřen Jindřichovi Voděradskému z Hrušova. V roce 1556 zdědil Dobřen syn Jindřicha Voděradského, Jiří Voděradský z Hrušova. Když byl v roce 1580 pro lichvu popraven, připadla tvrz jeho bratrovi Václavu Voděradskému. Ten zřídil na tvrzi rozsáhlou knihovnu, kterou znal i Mikuláš Dačický z Heslova.
Václav Voděradský zemřel na dobřeňské tvrzi v roce 1660 a statek zdědila jeho dcera Ludmila. Od ní ho záhy získala její sestra Kateřina, která v roce 1610 postoupila Dobřen svému manželovi Ondřeji Horňateckému z Dobročovic. Ten byl v roce 1622 odsouzen pro účast na protihabsburském povstání ke konfiskaci jedné třetiny svého majetku. Proto byl sestaven popis dobřeňskému statku, ke kterému tehdy patřila tvrz, dvůr a ves Dobřeň s dalšími dvěma vesnicemi. Popis vlastní tvrze dokládá, že tehdy byla pohodlným sídlem typu zámku se zachovaným opevněním. Po zaplacení příslušné částky byla Dobřeň v roce 1626 Ondřejovi Horňateckému vrácena. Jeho syn Jiří Arnošt Horňatecký prodal Dobřeň s tvrzí v roce 1644 Janovi Kamberskému z Kamberka. Ten postoupil v roce 1648 statek Volfovi Berkovi z Dubé, majiteli suchdolského panství, k němuž byla Dobřeň připojena.
V této době také přestala tvrz sloužit jako panské sídlo a centrum samostatného statku a nadále byla používána pouze k různým hospodářským účelům. Naposledy se připomíná v roce 1738, kdy Dobřeň náležela Karlu Jáchymu Bredovi; tehdy byla v bývalé tvrzi umístěna ratejna, komora a drůbežárna. Později tvrz zcela splynula s ostatními budovami dvora, který byl v rámci první pozemkové reformy v roce 1922 rozparcelován.
Na místě tvrze dnes stojí domy čp. 71, 92 a 93, jejich souvislost se zaniklou tvrzí však nebyla prokázána.
GPS: 49°56'16.140"N, 15°9'5.200"E