Malenovice se poprvé připomínají ve 14. století, kdy byly majetkem kláštera sv. Ducha na Starém Městě pražském. Po husitských válkách se staly součástí kolínského panství Bedřicha ze Strážnice, a v majetku Kolína zůstaly až do poloviny 16. století, kdy je Albrecht z Gutštejna nejprve zastavil a záhy prodal Jindřichovi z Hrušova, který Malenovice připojil k sousední Dobřeni. V roce 1648 koupil dobřeňské panství Volf Berka z Dubé a připojil ho k suchdolskému panství, s nímž pak od roku 1776 patřily až do zrušení patrimoniální správy po roce 1848 k Malešovu.
Od roku 1850 byly Malenovice samostatnou obcí v okrese Kutná Hora, v roce 1960 byly připojeny ke "střediskové obci" Suchdol.
Oldřich Suchý (* 11. 9. 1892 Malenovice - † 26. 3. 1973 Nová Ves pod Pleší) - český agrární politik a autor publikací z obortu zemědělství, v letech 1931-39 poslanec Národního shromáždění, v září 1939 byl zatčen gestapem a vězněn v pankrácké věznici a poté v koncentračním táboře Sachsenhausen, v roce 1948 byl ve vykonstruovaném politickém procesu odsouzen k těžkému žaláři, po propuštění pracoval pouze v dělnických profesích.
Malenovice jsou dnes administrativní součástí městyse Suchdol (Kutná Hora), její vlastní katastrální území činí 1,66 km².
Malenovice leží na Chotouchovském potoce, 10,5 kilometru jihozápadně od Kolína v nadmořské výšce 390 metrů.