Ves Lipec se připomíná poprvé v roce 1410, kdy zde měl majetek Zdenek z Lipce. Před rokem 1516 byl Lipec majetkem Mikuláše Cerhenského z Dražic, později se stal příslušenstvím panství Hradišťko. Po roce 1539 připadl k panství Radovesnice, které v roce 1552 Diviš Slavata z Chlumu prodal Janu Klusákovi z Kostelce. Po smrti Ondřeje Klusáka si jeho synové v roce 1590 radovesnický statek rozdělili a Lipec připadl Albrechtovi Jiřímu Klusákovi. Jako majitelé Lipce se dále vystřídali Albrecht starší Klusák a Jan Oldřich Klusák, který Lipec prodal v roce 1607 císaři Rudolfovi II.. Ten ho připojil k poděbradskému panství, jehož součástí byl až do zrušení patrimoniální správy po roce 1848.
V letech 1850 – 1960 patřil Lipec jako samostatná obec, jejíž součástí byla do roku 1921 obec Božec, do okresu Nový Bydžov, od roku 1960 připadl jako součást sousedních Radovesnic II do okresu Kolín. Od roku 1990 je Lipec samostatnou obcí.
Podvýborem pro heraldiku a vexilologii Poslanecké sněmovny Parlamentu České republiky byl dne 3. května 2018 usnesením č. 8 schválen znak a prapor obce. Jedná se o tak zvaný „mluvící znak“, který tvoří modro-zlatě šikmo dělený štít, v jehož horním poli je stříbrná kostelní věž s černým obloukovým oknem a červenou stanovou střechou s černým křížkem, vlevo provázená třemi zlatými korunami. V dolním poli je šikmo vztyčená zelená lipová větev střídavě se třemi listy a plody. Vlajku tvoří tři šikmé pruhy, bílý, červený a modrý, vycházející ze žerďového a horního okraje, a žluté vlající pole. V modrém pruhu jsou tři žluté koruny, ve žlutém poli šikmo vztyčená zelená lipová větev střídavě se třemi listy a plody.
Lipec je od roku 1990 samostatnou obcí, katastrální výměra činí 3,88 km² a žije zde 180 stálých obyvatel (1. ledna 2018).
Lipec leží 13 kilometrů severovýchodně od Kolína v nadmořské výšce 245 metrů.