První písemná zmínka o vsi je z roku 1345 za držitelů vsi Mikuláše a Jana Bareterových, v roce 1357 se vzpomíná v souvislosti s dosazováním faráře k místnímu kostelu. V roce 1392 se připomíná Mikuláš z Chotějovic, v roce 1446 je doložen Hynek z Chotějovic. Ve 2. polovině 15. století se staly Choťovice za blíže neznámých okolností součástí hradišťského panství, s nímž se dostaly v 16. století k chlumeckému panství Kinských a jeho součástí zůstaly až do zrušení patrimoniální správy po roce 1848.
V letech 1850 – 1960 patřily Choťovice jako samostatná obec do okresu Nový Bydžov, v letech 1960 – 2007 patřila (do roku 1990 jako součást obce Žehuň) do okresu Nymburk a po reorganizaci státní správy v roce 2007 se stala součástí okresu Kolín jako samostatná obec.
František Horák (* 12. 6. 1909 Choťovice - † 6. 1. 1996 Praha) - český profesionální kynolog, pracovník Biologického ústavu ČSAV v Praze, tvůrce prvního českého plemene českého teriéra uznaného Mezinárodní kynologickou federací, s jehož šlechtěním bylo započato v roce 1949, rovněž vyšlechtil českého strakatého psa.
Název obce je odvozen od osobního kména Chotěj, tedy ves lidí Chotějových. V minulosti se jejich název vyvíjel od Chotietowicz (1357) přes Chotieiowicz (1361), Chotyewicz (1392), Chotiewicz (1415), Chotiegiowicze (1517), Chotowicze (1654) po Choťovice (od roku 1904).
Podvýborem pro heraldiku a vexilologii Poslanecké sněmovny Parlamentu České republiky byl dne 5. dubna 2017 usnesením č. 67 schválen znak a prapor obce, jehož autorem je heraldická kancelář Jiří Šuk & Jan Severa. Jedná se o mluvící znamení, kde znak tvoří modro-zelený štít (modrá barva jsou vody Žehuňského rybníka, zelená barva lesy Žehuňské obory) rozdělený šikmou vlnovkou (pahorek místní tvrze a pravěké mohyly), nahoře v modrém poli je stříbrná pětilistá růže se zlatým semeníkem a zelenými kališními lístky (atribut Panny Marie, které je zasvěcen místní kostel), v dolním zeleném poli je zlaté loukoťové železniční kolo (Libněveská řepařská drážka). Prapor tvoří modro-zeleně šikmo dělený list, v žerďovém poli je bílá růže se žlutým semeníkem a zelenými kališními lístky, ve vlajícím poli žluté železniční kolo.
Choťovice jsou dnes samostatnou obcí, jejich katastrální součástí je samota Korce. Katastrální výměra činí 9,05 km² a žije zde 197 stálých obyvatel (1. ledna 2020).
Choťovice leží na jižním břehu Žehuňského rybníka v nadmořské výšce 204 metry, 15 kilometrů severozápadně od Kolína.