Na místě dnešního kostela byla postavena první kaple z příkazu sedleckého opata kolem roku 1370, současně vznikl i příbytek pro několik cisterciáků, kteří o kapli pečovali. V roce 1384 byla kaple rozšířena na kostel. Zchátralý kostel byl na jaře roku 1780 zbořen a dne 24. dubna téhož roku byly položeny základy k dnešní stavbě, která byla dokončena v roce 1781. Plán stavby pochází zřejmě od stavitele Františka Tomáše Jedličky. Při požáru města v roce 1834 byl poškozen kostel i jeho vnitřní výzdoba, zcela zničeny byly kostelní zvony – dva z roku 1569, třetí z roku 1612. V roce 1836 byl kostel obnoven a v roce 1840 byla věž osazena čtyřmi novými zvony od zvonaře Karla Viléma Paula z Hradce Králové, které však byly v roce 1916 rekvírovány. Do dnešní podoby byl kostel upraven v roce 1905. V letech 2007–08 proběhla oprava fasád kostela, přičemž byly obnoveny bohaté suprafenestry nad okny, odstraněné při opravě fasád ve 2. polovině 20. století.
Pozdně barokní jednolodní kostel s půlkruhově uzavřeným neodstupněným presbytářem, čtvercovou sakristií v ose a hranolovou věží před západním průčelím. Stěny stavby jsou hladké, členěné prostými lizénami bez patek a hlavic. Po stranách je loď prolomena dvojicemi širokých oken, v presbytáři jsou rovněž dvě okna. Při vnější severní straně kostela je vchod do hrobky Augustina z Müllernu, správce hřebčína v Kladrubech, umístěné pod presbytářem, zvenčí zakrytý hodnotným mramorovým náhrobníkem* z roku 1666. Uprostřed náhrobku je erbovní štít, ve kterém po šikmém břevnu běží nahoru kůň a pod břevnem je skalnatý vrch, obtočený vavřínovými větvemi. Nad štítem je v tabulce latinský nápis: Eheu! Post tot equos domitos post fortia gesta Caballum flectere non potui pallida Parca tuum, (překlad): Běda, tolik ořů jsem zkrotil a statných vykonal činů. Nedal však zkrotit se Tvůj, bledá sudičko, kůň. Do stejné hrobky byl v roce 1806 pohřben baron Michael Benedikt Melas a později i jeho žena Josefina. Hrobka byla v roce 2009 zrestaurována Kateřinou Čihákovou Myškovou.
Vnitřek kostela je sklenut dvěma oválnými plackami a konchou do pásů na nástěnné polopilíře, v západní části je kruchta na dvou pilířích s jónskými hlavicemi. Fresky jsou z roku 1781 od Josefa Kramolína a představují na klenbě narození, kázání a oslavu sv. Jana Křtitele, po stranách postavy světců, ozdoby a květinové pletence. Barevná okna jsou z roku 1895.
Zařízení kostela (hlavní oltář a kazatelna) je pseudorenesanční z roku 1895, dva barokní boční oltáře z roku 1720, přenesené sem v roce 1786 spolu s (dnes již neexistujícími) varhanami ze zrušeného sedleckého kláštera, mají dva vynikající obrazy** sv. Jáchyma a Anny a sv. Josefa, pravděpodobně od Jana Kryštofa Lišky. Renesanční cínová křtitelnice* z roku 1630 vykazuje archaické gotizující prvky a stopy poničení žárem při požáru v roce 1834. Spočívá na třech nohách vyrůstajících z bradatých mužských hlav, reliéfní výzdobu kotle tvoří lidská hlava při horním okraji a poprsí Panny Marie kojící Ježíška se slunečními paprsky okolo nich a torzo česky psaného nápisu gotickou minuskulou: EECE AGNUS DEI / LETA PANE 1630 2 DNE MIESYCE VNORA SLYTA KRZTITEDLNICE TATO KE CTI CHW---OZ AMU–Y–MIESTYSE---WLA(DISLAWA) SSPACZKA TOHO CSASV PANA PRYMASA A P(ANA) MIKOLASSE BRZEZYNY KOSTELNIKA --- NAD LABEM ZA 2 CTIHODNEHO ---; na víku křtitelnice je postava sv. Jana Křtitele, držícího kříž, při křtu Ježíše Krista. Na kůru jsou varhany z roku 1913 od kutnohorského varhanáře Jana Tučka.
Dnes farní kostel spadající pod správu Řimskokatolické farnosti Týnec nad Labem Kutnohorsko-poděbradského vikariátu. Bohoslužby se konají každou neděli 9:45 hodin a každou středu v 18:30 hodin.
Kostel sv. Jana Křtitele je se sousední farou a sochou sv. Jana Křtitele zapsán do Ústředního seznamu nemovitých kulturních památek ČR pod číslem 28713/2-871.
Kostel stojí na jižní straně náměstí, z druhé strany v dominantní poloze nad řekou Labe.
GPS: 50°2'27.350"N, 15°21'31.640"E
Přístupné po dohodě