První písemná zmínka o obci je z roku 1088 v listinném falzu nadační smlouvy Vyšehradské kapituly (královské kolegiátní kapituly sv. Petra a Pavla na Vyšehradě), pořízeném před rokem 1142, podle kterého český kníže a pozdější první král Vratislav II. daroval kapitule 4 dvory v obci s poddanými Hrnčířem, Zdobeněm, Vasurou a Zluhachem. V roce 1235 je jako majitel obce uváděn Zdeslav ze Synče, po něm v roce 1295 Lucek ze Synče, který se spolu s dalšími vladyky v regionu zúčastnil vyměřování hranic obce Bylany, a v roce 1316 bratři Chval a Vlk ze Synče. V druhé polovině 14. století byl pánem zdejšího statku Petr ze Synče.
Po jeho smrti před rokem 1384 spravoval Syneč poručník Petrových dětí Jan ze Střimelic (dnes Hradové Střímelice), který se roku 1384 dostal do sporu s vitickým knězem Jeníkem o dva poplužní dvory, které si dal zapsat do zemských desk. Po husitských válkách byl majitelem vsi staroměstský měšťan Vaněk ze Synče. Od roku 1450 do pobělohorských konfiskací náležela Syneč Mírkům ze Solopysk, kteří v roce 1540 připojili k Synči i část Vitic.
Poslední majitel Synče z tohoto rodu, Jan Zikmund, se zúčastnil druhého stavovského protihabsburského povstání, takže jeho majetek propadl v roce 1622 konfiskaci. V jejím rámci ves následujícím roce koupil majitel černokosteleckého panství kníže Karel I. z Lichtenštejna a trvale ji připojil k nově vytvořenému plaňanskému panství. V roce 1639 Syneč vypálili Švédové a v roce 1654 byla do berní ruly zapsána jako zpustlá. Obnovena byla v roce 1677 knížetem Karlem II. Eusebiem z Lichtenštejna v souvislosti se založením poplužního dvora.
Součástí plaňanského panství zůstala Syneč až do zrušení patrimoniální správy, kdy se stala součástí obce Krupá. V roce 1930 zde žilo 80 obyvatel ve 20 domech, současnosti obec tvoří 14 domů, ve kterých žije 20 obyvatel.
Název vznikl přidáním přivlasňovací přípony k osobnímu jménu Synek a znamená tedy Synkova ves nebo Synkův dvůr. Název obce se v průběhu let příliš neměnil, nejstarší zapsaná podoba je Sinaz (1088), později Synice (1235), Synecz (1295), Syenecz (1316) a nakonec Syneč (1524), který se od této doby již nezměnil.
Syneč je katastrální součástí obce Krupá.
Syneč leží 5,5 kilometru jižně od Českého Brodu (22,5 kilometru západně od Kolína) v nadmořské výšce 270 metrů.