První zmínka o Žherech pochází z roku 1222, kdy se v listech krále Přemysla I. uvádí, že prvním držitelem vsi Žhery se dvorem byl rytíř Holec z Plaňan, který zastával roku 1226 důležitý úřad kastelána olomouckého. Po něm převzal Žhery jeho bratr Svéslav Holec z Plaňan. Roku 1318 vlastnil Žhery Lutobor Holec z Hradenína na Plaňanech a v roce 1332 Jindřich Holec, který měl majetek také v Radímku. Část vsi získala v roce 1339 Vyšehradská kapitula, od které ji v roce 1502 koupil Slavata z Chlumu a připojil ji k panství Kostelec nad Černými lesy. Další část vsi náležela v roce 1350 k majetku Ronovců, v roce 1359 se připomínají jako držitelé části vsi Čeněk z Lípy a Hron z Kostelce s podacím právem ke kostele v Plaňanech. Od nich přešel majetek na Pavla z Jenštejna, nejvyššího písaře království Českého, v roce 1488 se uvádí Mikuláš z Plaňan a později tato část patřila k plaňanskému panství Mírků ze Solopysk, které v roce 1624 koupil Karel z LIchtenštejna a připojil ke Kostelci nad Černými lesy. V letech 1631–37 v době třicetileté války byla obec velmi zpustošena a pak vydrancována roku 1642 při vpádu Švédů na kostelecké panství. Součástí Kostelce nad Černými lesy byla ves až do zrušení patrimoniální správy po roce 1848. Když se v roce 1838 vyměřovala železniční trať Olomoucko-pražské dráhy, první vyhotovený a schválený plán počítal s trasou v úseku Český Brod - Cerhenice přes Bylany, Žhery, Skramníky a Dobřichov. Ve Žherech měla vést středem vsi, takže bylo schváleno zboření několika domů. Jelikož Ale kníže Alois z Lichtenštejna nabídl stavebnímu odboru dráhy svoje pozemky kolem Poříčan zdarma, trasa byla přesunuta a Žherům se nakonec vyhnula.
V letech 1850-80 tvořily Žhery spolu se Skramníky a Hořany jednu obec se společným rychtářem, ale samostatnými starosty. Hořany se oddělily v roce 1880 a Žhery pak v roce 1889. Do června roku 1960 byly Žhery samostatnou obcí, než byly opět připojeny ke Skramníkám. K 1. 1. 1974 došlo ke spojení MNV (Místní národní výbor) Skramníky a Klučov do tzv. střediskové obce Klučov. Součástí Klučova jsou Žhery dodnes.
František Kvapil (* 15. února 1855 Žhery - † 19. října 1925 Praha) - básník a překladatel, především z tehdejší moderní polské literatury, publikoval řadu časopiseckých článků o slovanských literaturách, jako překladatel a literární vědec byl ve své době velmi oceňován.
Láďa Novák (* 7. října 1865 Praha – † 16. ledna 1944 Praha) - český malíř, kreslíř a ilustrátor. Vystudoval architekturu a pozemní stavitelství, je znám jako autor návrhů sgrafit a dekorací průčelí domů. V roce 1883 se seznámil s Márinkou Čermákovou ze staku čp. 2 ve Žherech, s kterou se v roce 1897 oženil. Ve Žherech pobývali až do roku 1907, než statek propachtovali a odstěhovali se do Prahy.
Původně se obec jmenovala Žháry a to buď podle „žhářů“ (žháři udržovali stálý oheň, ke kterému přicházeli lidé z okolí s hliněnými hrnci a odnášeli si žhár domů k rozdělání ohně) nebo podle toho, že obec vznikla na místě, kde byl ohněm vypálen les a půda upravena k hospodářskému využití. Jméno Žháry se v průběhu staletí změnilo na Žhery.
Od roku 1959 jsou Žhery administrativní součástí obce Klučov, jejich vlastní katastrální území činí 2,33 km².
Žhery leží 19,5 kilometru severozápadně od Kolína v nadmořské výšce 217 metrů.