První písemná zmínka o obci je z 26. ledna 1294 v listině krále Václav II., v které daruje Milčice Vyšehradskému proboštství náhradou za jiné dvě obce, které převedl ke Zbraslavskému klášteru. V roce 1322 byly ale králem Janem Lucemburským Milčice probošství odejmuty a staly se královským majetkem. Na počátku 16. století byly Milčice v majetku Bedřicha z Donína, který je v roce 1525 prodal městu Nymburk. Z jeho majetku se krátce na to musely dostat do vlastnictví Starémo Města pražského, kterému byly v roce 1547 zkonfiskovány. Poté připadly k poděbradskému panství, jehož součástí byly až do zrušení patrimoniální správy po roce 1848. V roce 1590 Milčice měly svého prvního rychtáře, kterým se stal sedlák Vozáb Jíra. Ten byl také jediný, který v Milčicích zůstal po vypálení v období třicetileté války v roce 1633, všichni ostatní osadníci ze zničené obce odešli. Po válce ale nastala rychlá obnova, takže v roce 1651 zde existuje opět 15 nových usedlostí. V roce 1757 obec vydrancovalo pruské vosko v souvislosti událostmi kolem bitvy u Kolína. V letech 1850 - 1960 patřily Milčice do okresu Poděbrady, od roku 1960 jsou součástí okresu Nymburk.
Milčice jsou zastávkou č. 8 významného regionálního projektu Tajuplná místa Podlipanska, které organizuje MAS Podlipansko, o.p.s. Pro zájemce o putování po těchto místech opředených tajemstvím a pověstmi je vydán kapesní průvodce, který zdarma získáte na informačních místech Podlipanska. Informační tabule jsme doplnili fotografiemi z našeho archivu.
František Jan Vavák (* 26. 10. 1741 Milčice - † 15. 11. 1816 Milčice) - milčický rychtář, představitel první generace českých obrozenců a nejvýznamnější písmák a kronikář své doby, i když záběr jeho kronik je spíše regionální.
Eliška Vozábová (* 26. 6. 1874 Milčice - † 21. 7. 1973 Praha) - lékařka, patřila mezi první ženy, které promovaly na univerzitě v Praze a byla mezi prvními 51 studentkami na soukromém gymnáziu Elišky Krásnohorské "Minerva", založeném pro podporu vysokoškolského vzdělávání žen.
Dnešní název se vyvinul z původního názvu Milečice.
Podvýborem pro heraldiku a vexilologii Poslanecké sněmovny Parlamentu České republiky byl dne 18. června 2003 usnesením č. 23 schválen znak a prapor obce. Znak tvoří zlato-červeně šikmo dělený štít s vykořeněnou lípou přirozené barvy v horní části a kalamářem s brkem v dolní části, obojí zlaté. Vlajku tvoří žluto-červeně šikmo dělený list, v žerďovém poli je zelená vykořeněná lípa s hnědým kmenem, ve vlajícím poli brk v kalamáři, obojí žluté.
Milčice jsou dnes samostatnou obcí, katastrální výměra činí 6,51 km² a žije zde 304 stálých obyvatel (1. ledna 2016).
Milčice leží 17 kilometrů severozápadně od Kolína v nadmořské výšce 197 metrů.