Renesanční tvrz v Kounicích zřejmě vystavěl Jiřík Vachtl z Pantenova, nejstarší zmínka o ní je v deskách zemských z roku 1554. Z jeho synů, kteří výstavbu tvrze zřejmě dokončili, získali při dělení rodového majetku v roce 1555 Kounice Zdeněk a Jáchym. Po Zdeňkovi, který byl několikrát souzen pro různé výtržností, zdědil tvrz i větší části Kounic jeho bratr Jáchym Vachtl z Pantenova. Sňatkem získal kounickou tvrz Prokop Dvořecký z Olbramovic v roce 1590 a v roce 1599 celé panství vyměnil za Želiv s Janem Rudolfem Trčkou z Lípy, který ho v roce 1612 vložil do desk zemských jako majetek své ženy, Marie Magdaleny z Lobkovic. Rudolf Trčka také nechal kolem roku 1612 přestavět malou, nevyhovující renesanční tvrz na reprezentativní a prostorný renesanční zámek. Kounický zámek, kde došlo 30. listopadu 1631 k rozhovorům Albrechta Valdštejna s Arnimem a delegaci české emigrace, vlastnila Marie Magdalena z Lobkovic až do své smrtí v roce 1633, kdy jej zdědil její syn Adam Erdman. Když byl Adam Erdman Trčka z Lípy v Chebu 25. února 1634 spolu s Albrechtem z Valdštejna zavražděn, bylo také kounické panství trčkovskému rodu zkonfiskováno a postoupeno 22. září 1635 arciknížeti Ferdinandovi III., jemuž bylo pak 4. července 1636 darováno dědičně císařskou rezolucí.
Ferdinand III. si ponechal kounické panství, spravované z brandýského zámku, pouze do roku 1644, kdy je daroval podmaršálkovi hraběti Albrechtu Gastonu Spinolovi z Bruay, který však už rok nato padl u Jankova v bitvě se Švédy. Po udělení inkolátu získala v roce 1649 zdejší panství Albrechtova matka Klára a po její smrti v roce 1667 její syn hrabě Filip Hypolit Spinola z Bruay. Ten Kounice ještě téhož roku prodal hraběti Arnoštu Ferdinandu Leopoldovi de Suys, který zahájil raně barokní přestavbu zámku, ve které pokračovala v 80. letech 17. století po jeho smrti v roce 1677, manželka Klára Františka Thunová de Suys. Z písemných pramenů vyplývá, že stavbu prováděl pražský mistr Kryštof Lehner, ale tato přestavba nikdy nebyla dokončena. V době selského povstání 16. dubna 1680 byla hraběnka přinucena opustit zámek i s nezletilým synem Františkem Josefem Antonínem de Suys, když ho dobývali cizí i domácí vzbouřenci. Po smrti hraběte Františka Antonína v roce 1690 v Uhrách, zdědil Kounice nezletilý hrabě Romedius Konstantin z Thunu, jehož poručníkem byl ustanoven jeho otec. Ten zadlužené panství v roce 1693 prodal Janu Rudolfovi z Morzina. Z jeho finančních prostředků byla ještě téhož roku vystavěna kolem zámku zeď se třemi branami a obnoven příkop. Po hraběti Janu Rudolfu Morzinovi se stal majitelem Kounic v roce 1702 nejstarší syn Maxmilián a po jeho brzké smrti v roce 1706 bratr hrabě Václav Morzin (1675 - 1737), významný mecenáš umění, zejména hudby (Antonio Vivaldi mu například věnoval slavné dílo Il cimento dell'armonia e dell'inventione, op. 8, s proslulým cyklem houslových koncertů Čtvero ročních dob). Ten nechal kounický zámek barokně přestavět zřejmě podle plánů architekta Adama Auera v roce 1719, což dokládá dvojitý chronogram (dvakrát letopočet 1719) na klenáku hlavního portálu: EN SENVI SED ME IVVENESCERE FECIT IN ANNOS / WENCESLAI MORZIN LAVS DIGNA POSTERITATE. Při této přestavbě byla také nad vstupním portálem vystavěna nízká hranolová věž, opatřená hodinami a lucernovitou střechou. Před vjezdem do zámeckého areálu byly umístěny dvě Brokoffovy skulptury, zpodobňující mouřeníny s morzinovskými erby ve štítech.
V majetku hrabat Morzinů byly Kounice až do roku 1760, kdy je musel František Xaver Morzin pro dluhy prodat Marii Terezii Savojské, po jejíž smrti v roce 1772 se stal dědicem kounického panství kníže František Josef z Lichtenštejna. Za selského povstání 22. března 1775 se zámku zmocnili poddaní z poděbradského a lyského panství a pomstili se na zajatých zdejších panských úřednících. Kníže František Josef z Lichtenštejna zemřel v roce 1781 a rodový majetek zdědil nejstarší syn Alois Josef. Po jeho smrti v roce 1805 přešly Kounice na mladšího bratra Jana Josefa, známého vojevůdce a polního maršálka. Když i on v roce 1836 zemřel, ujal se správy kounického panství nejstarší syn Alois Josef a po něm od roku 1858 kníže Jan II. z Lichtenštejna.
V kounickém zámku, obývaném lichtenštejnskou vrchností jen nepravidelně, sídlily až do roku 1848 orgány patrimoniální správy a později až do roku 1924, kdy jej získala kounická obec, hospodářské úřady velkostatku. Za obecní správy prošel zámek několika adaptacemi na byty a školu, během nichž byla v roce 1963 ubourána věž a v roce 1970 byly odstraněne poslední zbytky barokní výzdoby. V noci z 12. na 13. března 1990 zámek vyhořel, obec ho nechala alespoň provizorně zastřešit a do průčelí se vrátila kopie zbořené věže. V roce 2004 obec prodala zámek společnosti Castle Kounice, vlastněnou dánským občanem Michaelem Agerledem, a přestože nový majitel plánoval přeměnu zdevastovaného zámku na komplex luxusních bytů se společenským a sportovním zázemím podle studie rekonstrukce zpracované v roce 2008 Tomášem Kocourkem a Janem Ritterem, zámek je dlouhodobě uzavřen a žádnými stavebními úpravami neprochází. V roce 2020 se objevil neopravený objekt zámku v nabídce realitních kanceláří k prodeji.
Barokní kounický zámek má dodnes renesanční dispozici, je čtyřkřídlý, hladký, dvoupatrový s nepravidelným čtvercovým půdorysem, kterým je vymezeno prostorné nádvoří. Dochovaná část arkádového ochozu v přízemí nádvoří je sklenuta výsečovými klenbami se stýkajícími se lunetami, stejně jako klenba v průjezdu vstupního křídla, v jehož průčelí je barokní portál s časovým údajem o přestavbě zámku.
Východně od zámku se rozkládal rozsáhlý panský dvůr, jehož jádrem je patrový barokní špýchar, na který směrem k východu navazují přízemní kamenné chlévy. Prosté fasády špýcharu jsou otevřené pravidelně rozmístěnými obdélnými okny v kamenném ostění, ale v přízemí je již většina oken novodobých. Valbová střecha je krytá vlnitým plechem. Hlavní vstup ve druhé okenní ose od zámku je pojednán jako průjezd skrze stavbu, rámovaný dvojicí obloukových vjezdů na severním a jižním průčelí, interiéry mají trámové stropy. Severně od špýcharu je kolmo umístěná stodola, z níž se dochovaly pouze obvodové zdi, maštale na severní straně areálu zanikly. Protranství mezi jižní pilířovou branou a špýcharem je dnes obestavěno drobnými provozními objekty z 20. století. Poslední stavbou v areálu je patrová podélná obytná úřední budova hospodářského dvora, navazující na severní nároží zámku, ke kterému je připojena krčkem a několika prampouchy v patře. Prosté fasády jsou otevřené pravidelně rozmístěnými obdélnými okny v kamenném ostění, střecha je valbová, krytá plechem. Interiéry jsou v přízemí klenuté převážně valenými klenbami do oválných pasů s trojbokými výsečemi.
Zámek spolu s obytnou úřední budovou a špýcharem v areálu hospodářského dvora je zapsán do Ústředního seznamu nemovitých kulturních památek ČR pod číslem 12839/2–1838, v roce 2012 byl zařazen na seznam nejohroženějších památek České republiky.
Podlaha A: Soupis památek historických a uměleckých v království Českém od pravěku do počátku XIX. století, díl 24 - Politický okres Český Brod, str. 97. Praha 1907.
Poche E. a kol.: Umělecké památky Čech 2. Praha. Vydalo nakladatelství ČSAV Academia, 1978.