Od 13 století patřil Zárybník městu Kouřim, ale po založení kláštera v Klášterní Skalici v roce 1357, připadl klášteru. Poté, co byl klášter v roce 1421 dobyt a vypálen, připadly jeho statky a poplužní dvůr opět Kouřimi. V roce 1623 byl však městu králem Ferdinandem II. zkonfiskován a prodán knížeti Karlovi z LIchtenštejna, který ho připojil k černokosteleckému panství, v jehož majetku zůstal nakonec až do roku 1848. V roce 1639 byl Zárybník vypálen Švédy a ještě v roce 1677 nebyl podle Urbáře černokosteleckého panství obnoven.
Zárybník dnes katastrálně náleží k obci Klášterní Skalice.
Zárybník leží 2 kilometry severovýchodně od Kouřimi (15 kilometrů západně od Kolína) v nadmořské výšce 225 metrů.