Mlékovice se poprvé připomínají v roce 1287 za Majnuše z Mlékovic, který byl předkem zemanů z Mlékovic, příbuzných s pány ze Zásmuk. Ti pak ve 14. století sídlili na místní tvrzi a připomínají se ještě v roce 1427 za Buška z Mlékovic. V letech 1440-53 držel Mlékovice Olbram z Klučova, v letech 1463–64 Kuneš ze Zásmuk a po něm Jan ze Zásmuk. V roce 1497 koupil od Václava Kladiva z Ejstebna ves i s dalšími majetky v okolí Jiří Voděradský z Hrušova, po něm je vlastnil Jindřich Voděradský (1514–19) a pak Bernard Voděradský, který v roce 1544 vlastnil také Bečvárky. V roce 1558 převedl Adam Mírek ze Solopysk věno své manželky Kateřiny ze Solopysk do Mlékovic, které se ale vzpomínají jako pusté. V roce 1574 obnovil ves i tvrz Prokop Mírek ze Solopysk a v roce 1583 je Šimon Mírek ze Solopysk prodal majiteli Zásmuk, Janovi Vchynskému z Vchynic, který je připojil k zásmuckému panství, jejichž součástí zůstaly až do zrušení patrimoniální správy v roce 1848. Po třicetileté válce se v roce 1654 uvádějí v Mlékovicích pouze tři usedlíci (Jan Krejčí, Matouš Labanů a Anna Krčmářka), jejichž počet do roku 1854 vzrostl na 163 a v roce 1890 pak na 205 obyvatel výhradně české národnosti.
Nízev obce Mlékovice (lidově Mlíkovice) je odvozen od středověkého jména Mleko, tedy ves lidí Mlekových. V minulosti se objevují názvy Mlekowicz (1287), Mlecouicz (1289), Mlecowicz (1365, 1389), Mlíkowicze (1654), Mlíkowitz (1844). Současná podoba názvu obce byla koidifikována v roce 1921.
Mlékovice jsou od roku 1960 administrativní součástí obce Toušice, jejich vlastní katastrální území činí 2,34 km².
Mlékovice leží 13,5 kilometru západně od Kolína v nadmořské výšce 295 metrů.