První historicky doložená zmínka o obci pochází (dle Ottova slovníku naučného) z roku 1352, kdy zde stával dřevěný kostel zasvěcený sv. Václavu s farou a farní školou. V roce 1416 se vzpomíná Kuneš z Konojed, který vlastnil také hrad Zlenice, od roku 1420 převzal tvrz jeho syn panoš Jan z Kozojed. Zemřel však bez potomků, a tak veškerý majetek přešel do držení jeho sestry Běty z Konojed, která byla provdána za Ctibora z Ploskova. Kolem roku 1544 se Konojedy staly součástí panství Kostelec nad Černými lesy Slavatů z Chlumu a Košumberka a jako součást panství zůstaly až doku zrušení patrimoniální správy v roce 1848.
Období třicetileté války Konojedy přežily bez větší újmy, ale zcela osídleny byly znovu až ve 2. polovině 17. století.
V letech 1850 - 1868 náležely Konojedy do okresu Černý Kostelec, v letech 1868 - 1960 do okresu Český Brod a v lertech 1960-2007 do okresu Kolín. Po reorganizaci státní správy v roce 2007 připadly Konojedy do okresu Praha-východ.
Původ názvu obce je dán označením lidí, kteří jedí koně (koňské maso). Tvar názvu se od středověku výrazně nezměnil, liší se pouze v závislosti na gramatické zdatnosti písaře a uvádí se jako Konoged (1352), Conoiedi (1357), Konogied (1384), Konogedi (1544) nebo Konogedy (1654).
Název obce náleží k posměšným toponymům obdobně jako u dalších obcí v regionu jako Zibohlavy, Solopysky, Kozojedy, Oplany nebo Masojedy a proto výklad jeho původu není místními obecně přijímán. V obci se název vykládá tak, že pochází od místa založení obce, tedy na místě "konojedu", což je pastvina pro koně.
Podvýborem pro heraldiku a vexilologii Poslanecké sněmovny Parlamentu České republiky byl dne 26. května 2010 usnesením č. 60 schválen znak a prapor obce. Autorem návrhu obecních symbolů je tehdejší starosta obce Jiří Klimeš, kresebnou podobu zpracoval akademický malíř Ivan Králík. Jedná se tak zvaný „mluvící znak“, tvořený žluto-zeleně půleným štítem, v jehož pravé zelené části vystupuje přední část stříbrného koně (odkazující k názvu obce) a v levé žluté části stojí smrk zelené barvy s hnědým kmenem (odkazující na dnes již zaniklý Konojedský smrk, v širším slova smyslu na okolní ledsy). Vlajku pak tvoří dva svislé pruhy, zelený a žlutý, do zeleného vyrůstá přední část bílého koně, ve žlutém u středu listu zelený smrk s hnědým kmenem
Konojedy jsou dnes samostatnou obcí, jejíchž administrativní součástí je část samoty Klíče. Katastrální výměra činí 5,12 km² a žije zde 260 stálých obyvatel (1. ledna 2018).
Konojedy leží 5,5 kilometru jižně od Kostelce nad Černými lesy (26,5 kilometru západně od Kolína) v nadmořské výšce 406 metrů.