Původní název dnes zaniklé vsi byl Lhota pod Lipskou a poprvé je připomínána v roce 1381, kdy se vzpomíná Václav, služebník Kuneše z Třebovle (do roku 1386). V roce 1415 náležela Mikuláši z Lipan, ale vzápětí na to klášteru v Klášterní Skalici. Po zničení kláštera v roce 1431 Lhotu zabralo město Kouřim, v roce 1436 ji císař Zikmund daroval za válečné výsluhy Volfartovi z Radimi. V 2. polovině 15. století se zde vzpomíná Jan z Bříště a v roce 1499 Alžběta, dcera Bernarda Opla. V letech 1500-18 vlastnili zdejší dvůr pražští měšťané Jan Zeman a jeho syn Jiří, od nichž ho koupil Václav Braum z Chomutovic, aby ho obratem v roce 1522 prodal Janu Novodvorskému z Třebovle a jeho manželce Elišce. V nadcházejících letech se majitelé Lhoty velmi rychle střídali a tak zde sídlili Jan Čeněk z Džbánova (1572), Dorota Novodvorská z Bítova (1574), Mikuláš Valrych z Bubna (1589) a také Eva Hlaváčová z Jelčan a její sestra Zbyňková z Jelčan (1591).
Za třicetileté války zanikla ves a dále se ve Lhotě vzpomíná pouze dvůr, který v roce 1654 patřil Dorotě z Krejsenova. Na počátku 18. století patřil statek krátce Vilému Jaroslavovi Mladotovovi ze Solopysk a po něm od roku 1701 Vilému Leopoldovi Zárubovi z Hustířan. Od něho získala Lhotu v roce 1710, výměnou za statek Bohnice, Ludmila Popelová z Lobkovic. Po ní se ale Lhoty v roce 1713 opět ujímají pánové ze Solopysk, z nichž v roce 1737 vynikal Jan Vilém, hejtman Kouřimského kraje. Po jeho smrti v roce 1742 se Lhoty ujal Jan Václav Mladota, který ji v roce 1755 postoupil nejvyššímu purkrabímu hraběti Filipovi Krakovskému z Kolovrat. Ten v roce 1757 vystavěl u hospodářského dvora zámek.
V roce 1764 koupila panství Barbora Harbuval – Chamaré, která nechala obnovit ves pod dnešním názvem Hlaváčova Lhota a v roce 1803 ji koupil Václav Milner, jehož syn, rovněž Václav byl poslancem zemského sněmu. Po jeho smrti v roce 1866 koupil velkostatek Karel Michal Athan, který ho v roce 1855 prodal rodině Frauenbergů.
Z bývalé vsi se dodnes dochoval pouze hospodářský dvůr.
Hlaváčova Lhota je samostatné katastrální území o rozloze 2,97 km², na kterém se kromě dvora Hlaváčova Lhota nachází i dvě součásti obce Třebovle a to Borek a Království.
Hlaváčova Lhota leží 3 kilometry severně od Kouřimi (18 kilometrů západně od Kolína) v nadmořské výšce 282 metry.