Bohouňovice jsou typem starobylé slovanské osady o kruhové základně, kde se jednotlivé domy obracejí svými štíty do středu návsi s kaplí a rybníčkem. Ves o kruhové základně (tzv. okrouklice) měla tu výhodu, že se v čas nebezpečí mohl přístup do vsi rychle uzavřít, aby se mohlo při menší branné síle lépe čelit nepříteli. Původ vsí tohoto tvaru spadá do 10. nebo 11.stol., první zmínky o Bohouňovicích jsou však až z roku 1390, kdy se vzpomíná Mikuláš z Bohouňovic. Až do husitských válek patřily Bohouňovice k církevnímu majetku spravovaného z Českého Brodu. V období husitských válek údaje o Bohouňovicích mizí a objevují se až roku 1461, kdy Bohouňovice získal rod Čabelických ze Soutic. Dalším majitelem se v roce 1588 stal Jaroslav Smiřický ze Smiřic, který je připojil ke Kostelci nad Černými lesy a jeho součástí byly Bohouňovice až do zrušení patrimoniální správy v roce 1848. Od roku 1850 jsou samostatnou obcí okresu Kolín.
Jaroslav Procházka (* 3. 8. 1889 Bohouňovice II - † 12. 12. 1973 Kostelec n. Č. lesy) - učitel, zabýval se regionální historií Kolínska a genealogií svého rodu, autor knih Kronika Polních Voděrad (1938), Z rodného kraje (1940) nebo Sestupme ke kořenům (1947). Působil jako učitel v mnoha obcích regionu, nejdéle v Lošanech a Polních Voděradech.
Původ názvu obce je odvozen od osobního jména Bohuň, Bohún nebo Bohuněk (= Bohumil), tedy ves lidu Bohuňova. V roce 1910 byl do názvu obce doplněn index „II“ na rozlišení od Bohouňovic u Červených Peček, které nesou označení „I“.
Bohouňovice II jsou administrativní součástí obce Horní Kruty, jejich vlastní katastrální území činí 5,39 km².
Bohouňovice II leží 10 kilometrů jižně od Kouřimi (21 kilometrů jihozápadně od Kolína) v nadmořské výšce 344 metrů. Středem obce protéká potok Potočina, který se za vsí vlévá do Bohouňovického potoka, levostranného přítoku Vavřince.