Vrátkov se poprvé písemně připomíná v nadačních knihách, které založil arcibiskup Arnošt z Pardubic, zápisem ke dni 20. 5. 1381 kdy děkan staroboleslavské kapituly Jakeš dědičně pronajal Vrátkov s poplužním dvorem Petrovi a jeho synovi za 30 kop pražských grošů. Kapitula držela obec pouze do roku 1420, kdy si veškerý církevní majetek přivlastnil král Zikmund a věnoval ho věrným šlechticů. Vrátkov získal nejprve Jan Kačice z Vrátkova a po něm v roce 1437 spolu s dalšími statky Jan Umrlý ze Suché. V roce 1468 se vzpomíná Šimon z Vrátkova, pozdější majitelé vsi ale nejsou známi. Někdy v 1. polovině 16. století získal ves Jindřich Škvorecký z Klinštejna, který ji v roce 1532 prodal Zikmundovi Smiřickému ze Smiřic. V roce 1547 se ves vzpomíná v majetku rytířů Günterů z Moren, kteří se o ni přeli v roce 1550 s majitelkou Tuchoraze Eliškou Svitáčkovou z Landštejna. Dne 13. října 1582 umírá poslední mužský potomek tohoto rodu Václav Günter z Moren a na Vrátkově (pohřbený v kostele v Tismicích) a Vrátkov přešel na Bedřicha Ichtryce z Ichtryc, který ho v roce 1592 prodal městu Český Brod. Město přišlo o Vrátkov po konfiskaci majetku v roce 1623, kdy ho koupil Karel z Lichtenštejna a připojil k plaňanskému panství. V roce 1639 byla obec vypleněna Švédy a po obnově byla v roce 1657 připojena k jinému lichtenštejnskému panství, Kostelec nad Černými lesy, ke kterému náležela až do zrušení patrimoniální správy v roce 1848.
S výjimkou let 1960–90, kdy byl přiřazen k Tismicím, je Vrátkov samostatnou obcí.
Název obce se v nejstarší písemné podobě objevuje jako Wratkow a v průběhu staletí tedy neprodělal podstatných změn (v roce 1720 se například objevuje v podobě Vratkow). Pochází patrně z osobního jména Vrátek, čili Vrátkův dvůr. Nabízí se i hypotéza vycházející z německého tvaru Vrat-Brad, což znamená „brod“. Spojitost vojevůdce Jana Parduse z Vrátkova (1413 – cca 1468), který se významně podílel na konečné fázi husitských válek, s touto obcí nelze pro nedostatek důkazů potvrdit, neboť v Čechách existují další dvě obce se jménem Vrátkov (u Nasavrk a u Sedlce-Prčice); jedinou vazbou ke zdejšímu kraji bylo Pardusovo obléhání Českého Brodu v roce 1437 a vlastnictví Liblic roku 1461.
Od roku 1990 je Vrátkov samostatnou obcí, jejíž katastrální výměra činí 2,41 km² a kde žije 274 stálých obyvatel (1. ledna 2019).
Vrátkov leží 3,5 kilometru jihozápadně od Českého Brodu (26 kilometrů severozápadně od Kolína) v nadmořské výšce 275 metrů.