Tvrz vznikla zřejměna počátku 14. století, první zmínka o ní je z roku 1325, kdy ji prodal Václav z Krakovan Sedleckému klášteru. Další zmínka o její existenci je z darovací listiny vystavené 21. září 1436, kterouy císař Zikmund daroval Krakovany s tvrzí a dalšími obcemi v okolí Vaňkovi z Miletínka. Nový majitel si za své sídlo zvolil sousední Týnec nad Labem a krakovanská tvrz postupně zanikla.
Do dnešní doby se po tvrzi nedochovaly žádné pozůstatky, podle místní tradice stála v místě domu čp. 35, kde se dodnes říká „Na hradě“.
Dům čp. 35 stojí v dolní části vsi při silnici na Bělušice.
GPS: 50°3'56.390"N, 15°22'2.760"E