Arciděkanský chrám sv. Štěpána v Kouřimi je jednou z nejvýznamnějších stavebních památek nejen v České republice, ale také významnou památkou evropského kulturního dědictví, která je přes všechny pozdější úpravy unikátní ukázkou klasické stavby raně gotického stylu, vzešlého ze sasko-hesenského prostředí s vlivy burgundské gotiky. Je současně významným kulturně-náboženským symbolem, neboť po celý středověk byl kostel oficiálním sídlem kouřimského arcijáhna (arciděkana), tedy nejvyššího duchovního správce jihovýchodní části středních Čech, a jako patroni kostela vystupovali nepřetržitě od jeho založení až do roku 1918 čeští králové.
I. etapa výstavby
Kostel byl s největší pravděpodobností postaven na místě staršího kostela, neboť v jeho zdivu jsou patrné románské stavební prvky, pocházející z dosud neznámé starší stavby, která na tomto místě existovala ještě před založením města. Se stavbou chrámu bylo započato po roce 1261 z přímého popudu krále Přemysla Otakara II., neboť stavbu řídila královská stavební huť. Nejstarší částí stavby je raně gotický presbytář se severní boční lodí a kaple sv. Kateřiny pod presbytářem. Již kolem roku 1270 byla dokončena hlavní loď, jižní boční loď a západní průčelí. Do konce 13. století byly ještě vztyčeny obě věže a kostel byl zastřešen.
II. etapa výstavby
V roce 1334 byla stavba poškozena požárem, které zachvátilo celé město, a to je také první písemná zmínka o jeho existenci. Za vlády Karla IV. byl kostel kolem roku 1370 opraven a rozšířen přístavbou jižní kaple (dnes sakristie). Na počátku 15. století byl interiér vyzdoben cennými nástěnnými malbami. Po obsazení města Pražany v dubnu roku 1421 byli Kouřimští přinuceni přistoupit ke Čtyřem artikulům pražským a po husitské reformaci se kostel sv. Štěpána stává na téměř 200 let (do roku 1622) utrakvistickou svatyní. V souvislosti s touto změnou došlo k úpravě gotického kostelního mobiliáře, který byl přizpůsoben novému chápání reformované liturgie a věrouky. Z roku 1470 pochází vzácný pozdně gotický graduál zdejšího bratrského sboru. V první čtvrtině 16. století proběhla pozdně gotická přestavba svatoštěpánského chrámu, která spočívala zejména ve zřízení nové hudební kruchty a rozměrných oken bočních lodí, vybavených složitými kružbami. V roce pak 1525 byla v sousedství postavena samostatná zvonice, která převzala funkci nedostatečně stabilních kostelních věží.
III. etapa výstavby
V roce 1567 kostel poškodil požár, ale opravy se dočkal až v roce 1581, kdy byl renesančně vymalován a vybaven novým renesančním mobiliářem, z tohoto roku také pochází skvostný adventní Kouřimský kancionál. V letech 1608-10 při kostele působil jako děkan významný učenec a luteránský teolog Jiří Tesák Mošovský.
IV. etapa výstavby
Od roku 1625 opět v Kouřimi působil katolický děkan, Šimon Eustach Kapihorský, který mimochodem vedl ve městě v letech 1626-27 několik inkvizičních procesů. Kostel byl v období třicetileté války opakovaně vyloupen a zpustošen švédskými i císařskými vojsky a po skončení války dokonalo dílo zkázy několik požárů. Největší z nich kostel poničily v letech 1659 a zejména 1670, kdy se zřítila klenba hlavní lodi a zdivo horních pater obou věží. Ničivému živlu padla za oběť i většina gotického a renesančního mobiliáře kostela. Barokně byl kostel opravován postupně v letech 1670 (nově zaklenuta hlavní loď) až 1744 (snížení věží o jedno patro a jejich zastřešení dnešními mansardovými střechami s osmibokými lucernami). V průběhu poslední čtvrtiny 17. a na počátku 18. století byl interiér postupně vybavován umělecky hodnotným barokním mobiliářem, stavba byla omítnuta a před hlavní vstup byla postavena předsíň. V roce 1836 byl kostel opraven a částečně přestavěn architektem Floriánem Müllerem, který upravil poškozený západní štít do stupňového tvaru, přičemž na jednotlivé stupně nechal umístit drobné sochy andělů.
V. etapa výstavby
Po polovině 19. století byl kostel přičleněn do kolínského vikariátu a význam Kouřimi jako střediska církevní správy tím byl ukončen. Když v roce 1867 nastoupil do funkce zdejšího děkana obrozenecký spisovatel Antonín Ladislav Dlask, byl kostel velmi zanedbaný. Děkan si plně uvědomoval jeho mimořádnou uměleckou hodnotu, proto začal připravovat zásadní obnovu. Ta se uskutečnila v letech 1876-77 v puristickém duchu pod vedením Josefa Schulze, který nechal především odstranit ze stavby omítky, čímž se odhalilo zdivo, a zcela přestavěl barokně upravené západní průčelí s předsíněmi, které nahradil nepříliš přesvědčivou rekonstrukcí ve středověkém duchu. V rámci této první opravy došlo bohužel ke zničení řady cenných architektonických detailů. V letech 1903–05 a v roce 1908 byl kostel upraven pseudogoticky Karlem Hilbertem, který částečně napravil necitlivé úpravy provedené jeho předchůdcem. V této podobě se kostel dochoval dodnes.
Kostel je trojlodní stavba bazilikálního typu s pětibokými závěry, nad kterými se zvedají dvě mohutné hranolové věže. Jižní průčelí je prolomeno širokými trojdílnými okny ze 16. století a vystupuje z něj pětiboce uzavřená sakristie, původně jižní kaple, opatřená úzkými hrotitými okny. Západní průčelí pak zdobí vstupní portál s původním raně gotickým ostěním. Severní stěna je prolomena dvoudílnými, bohatě profilovanými okny a pozdně románským portálem** z roku 1260, který si uchoval původní podobu s pětilaločně vykrojeným nadpražím a ostěním s polosloupky, ukončenými hlavicemi s bohatým rostlinným dekorem. Presbytář je zevně opatřen opěráky a osvětlují ho hrotitá okna s kružbami.
V roce 1905 bylo na jižním a severním průčelí kostela osazeno 13 renesančních náhrobníků** bohatých měšťanů nebo nižší šlechty z druhé poloviny 16. a počátku 17. století, které se původně nacházely v podlaze kostela uvnitř. Mezi nejhodnotnější patří náhrobky manželů Pirynových a jejich dětí z let 1600–14 na stěnách sakristie a severní věže, náhrobky Kateřiny Hrabalové (1582), Jana Bakaláře a neznámé měšťanky s růží (kolem roku 1600) na stěnách sakristie a náhrobky Anny Kožešnice (1602) a manželů Polentových (1615 a 1619) na stěně severní lodi. V bezprostřední blízkosti východní zdi kněžiště se nachází prostý kamenný kvádr, označující hromadný hrob vojáků padlých v bitvě u Kolína. Na schodišti jižní věže je pískovcový kříž s reliéfem lebky ze třetí čtvrtiny 18. století, podle nepodložené místní tradice je označován jako náhrobek kouřimského kata. Jedná se o zajímavou ukázku funerálního sochařství z období rokoka, která původně patrně označovala některý z hrobů v prostoru zdejšího hřbitova.
Trojlodí a presbytář jsou sklenuty křížovou žebrovou klenbou na příporách a konzolách s unikátní rostlinnou výzdobou. Presbytář** je v závěru sklenut paprsčitě, po obou stranách je opatřen devíti raně gotickými kamennými sedilii s trojlistými arkádami na sloupcích, královskou sedile, výklenkovým sanktuářem opatřeným bohatě členěným ostěním s původní mřížkou (1380) a arkýřovým pastoforiem vybaveným také originálními pozdně gotickými mřížkami a zdonbeným jemnými rostlinnými reliéfy s motivem Kristovy tváře (po roce 1500). Sakristie je sklenuta jedním polem křížové klenby, v závěru paprsčitě, a vstupuje se do ní a sedlovým portálem ze 14. století, opatřeným původními dveřmi z roku 1500 nebo počátku 16. století. Na západní straně se nachází pozdně gotická hudební kruchta z počátku 16. století, její zábradlí s motivem slepých kružeb je z větší části původní, malba městského znaku však pochází až z konce 19. století.
Pod presbytářem se dochovala unikátní osmiboká kaple sv. Kateřiny**** z let 1260–70, sklenutá hvězdovou žebrovou klenbou na osmidílný středový svazkový pilíř s motivy úponků vinné révy, které vyjadřují Kristovo podobenství o vinném kmeni. Samotná kompozice kaple symbolizuje Strom života a reprezentuje nejstarší známé užití trojpaprskového klenebního systému v Evropě. V kapli byly v roce 1999 odkryty unikátní malby**** z počátku 15. století (kolem roku 1410). Na klenbě je vyobrazen andělský kůr, kde čtyřiadvacet andělů hraje na rozmanité hudební nástroje (portativ, fidula, loutna, žaltář, české křídlo, trumšajt, harfa, viola, trubka, flétna, dudy, zvonky, bubny a triangl); malby představují mimo umělecké hodnoty i jedinečný "katalog" hudebních nástrojů v období vrcholného středověku. Na stěnách jsou pak výjevy ze života sv. Kateřiny a Ukřižování s truchlící P. Marií a sv. Janem Evangelistou. Malby, které jsou ukázkou nejkvalitnějších maleb tzv. „krásného slohu“ v České republice, byly obnoveny v letech 2000–06 Vlastimilem a Tomášem Bergrovými. Kaple sv. Kateřiny je jednou z nejvýznamnějších raně gotických památek v Evropě.
Původní gotické a renesanční malby v lodi kostela byly zabíleny, dnešní nástěnná dekorace jsou z roku 1905 od Františka Urbana. Ten také navrhl barevné dekorace vitráží oken, které provedla pražská firma Jana Kryšpína. Převážná část vnitřního inventáře je pseudogotická z roku 1905 od Jana Kastnera (hlavní oltář), S. Zálešáka a V. Mráze, dochovalo se však několik barokních obrazů, raně barokní lavice z doby po roce 1670 a v kapli sv. Kateřiny výklenkový oltářík* protimorových patronů z doby po roce 1714 (výtvarným unikátem, který zřejmě nemá v Čechách obdobu, jsou na něm polychromované terakotové plastiky sv. Kateřiny, sv. Rocha, sv. Šebestiána a sv. Rozálie). Na kruchtě jsou umístěny varhany od Karla Schiffnera z let 1879–80, na konci 19. století byla také pořízena dnešní pseudogotická kazatelna, zdobená složitými architektonickými řezbami a deskovými malbami evangelistů. Na břevně triumfálního oblouku je osazen velký barokní krucifix, který je zdařilou prací neznámého sochaře z poloviny 18. století.
Od 1. ledna 2005 filiální kostel spadající pod správu Římskokatolické farnosti Kostelec nad Černými lesy Kolínského vikariátu. Bohoslužby se konají každou středu od 18:00 hodin a neděli od 10:00 hodin.
Prohlídka kostela je možná mimo času před a po bohoslužbách také prostřednictvím Muzea Kouřimska, které sídlí ve staré radnici na náměstí. Prohlídky se konají s komentovaným doprovodem průvodce.
Kostel sv. Štěpána je zapsán spolu se sousední zvonicí do Ústředního seznamu kulturních nemovitých památek ČR pod číslem 46168/2–806.