Kostel sv. Prokopa je na území Kolínska ojedinělou ukázkou dynamického směru vrcholného baroka, která, byť v detailech pravděpodobně zkomolená místními staviteli, zůstala svým výtvarným názorem osamocena.
Na místě dnešního kostela stávala dřevěná poutní kaple zasvěcená sv. Prokopovi, kterou nechal v roce 1584 postavit na popud své manželky Doroty, rozené Mandlíkové, tehdejší majitel Prokopského dvora Václav Skořepa. V průběhu třicetileté války byla dne 31. srpna 1632 kaple císařskými vojáky do základů vypálena. V roce 1708 pak byla na stejném místě zahájena stavba nové kaple z nadace Františky Rosalie Boženy Berkové z Dubé, provdané Kinské († 1714), jako splnění přání jejího zemřelého bratra Františka Antonína († 24. dubna 1706 jím vymřel po meči rod Berků z Dubé), který si přál v Chotouni obnovit svatoprokopský kult. Pro tento záměr získala slavného pražského architekta Jana Blažeje Santiniho – Aichla, který nejenom že navrhl vlastní stavbu, ale osobně se na jaře roku 1708 zúčastnil i jejího vyměření. Hrubá stavba nové kaple byla dokončena v roce 1710, ale protahovala se její vnitřní výzdoba, která byla dokončena až za dalšího majitele panství Jana Ignáce Mladoty ze Solopysk († 1747), za kterého byla v roce 1717 vysvěcena. Do současné podoby byla kaple přestavěna v roce 1900 při její přestavbě na kostel, který převzal funkci zbořeného středověkého kostela sv. Petra a Pavla. Během této přestavby byla částečně pozměněna původní Santiniho koncepce, neboť do západního průčelí byla vestavěna nová vysoká hranolová věž, což si vyžádalo částečné ubourání původně trojboce uzavřeného průčelí a na něj navazující střechy. Střecha byla také ve střední části lodi zvýšena a osazena byla nově pojatým sanktusníkem. V roce 2006 byla opravena fasáda věže a v letech 2019-23 pak oprava střech a fasád lodi kostela.
Je třeba zmínit, že se v minulosti vedly o Santiniho autorství odborné spory, dnes je však připsání chotouňského kostela tomuto architektovi nezpochybnitelné, neboť byl nalezen pramenný doklad (M. Horyna, 1998). Kostel sv. Prokopa také předznamenává řešení pozdějších Santiniho děl v řešení lodi (v exteriéru protažený oktogon, v interiéru hloubkový ovál) u kaple sv. Klimenta v Hradci Králové a radiální centrálou kněžiště u později postavené kaple sv. Vojtěcha v Ostrově u Stříbra. Určité nesrovnalosti (nezvykle těžká modelace římsy, malá okna a konzervativně řešené portály), kvůli nimž bylo v minulosti zpochybňováno Santiniho autorství, jsou dány nezkušeností místních zedníků a absencí dozoru architekta na stavbě.
Kostel je řešen jako dvouprostorová paprsčitá centrála, skládající se z lodi a presbytáře, mezi které byla na severovýchodě vložena obdélná dvojboká sakristie s ostře vytaženou hranou, a západní obdélné věže se šnekovým schodištěm na jižní straně. Loď má z vnějšku půdorys podélně protáhlého osmiúhelníku a presbytář pravidelného šestiúhelníku s konkávně proláklými stěnami a s nárožími vytaženými do ostrých hran. Vnější fasády jsou členěny lizénami na nárožích lodi a plochými příložkami ve středu stěn presbytáře. Kolem celého tělesa stavby obíhá mohutná korunní římsa. V severní stěně lodi je od roku 1900 druhotně vložen vstupní portál z červeného pískovce s tesaným znakem Berků z Dubé z okrového pískovce, který byl původně v západním průčelí před přístavbou věže.
Loď kostela má v interiéru jiný půdorys než navenek, a to hloubkový ovál s osmi poli. Na hlavní ose jsou pole širší s lichými arkádami a půloválnými záklenky. Na východě je arkáda otevřena a tvoří triumfální oblouk. Pole jsou na diagonálách nečleněná s vysoko posazenými okny, oddělená dórskými pilastry, podloženými úzkými příložkami. Pilastry vynášejí kompletní kládí, které je nad nimi oblamováno a nese klenbu, tvořenou výraznou oválnou kupolí. Presbytář má složitější podobu, stejně jako navenek se jedná o pravidelný šestiúhelník (hexagon), který se jednou svou stranou otevírá do lodi a jehož zbylé stěny se konvexně vydouvají do interiéru. Obkročně se zde střídají pilířová pole, na která dosedá placková klenba v místech průběžné římsy, a pole výklenková, která se s klenbou stýkají v půloválu. Klenba tak získává podobu trojúhelného obrazce s okosenými rohy. Jedno výklenkové pole tvoří triumfální oblouk zaklenutý vykláněným pasem, zbývající dvě jsou po stranách hlavního oltáře. Jedno pilířové pole je za hlavním oltářem, dalším se vchází do sakristie a v posledním je nika. Ze sakristie vedou schody do malé místnosti v patře, která sloužila jako oratoř pro majitele Prokopského dvora.
V zařízení je pseudorománský hlavní oltář z roku 1863 od řezbáře Jana Doležala s obrazem sv. Prokopa od Josefa Vojtěcha Hellicha. Na bočních oltářích jsou obrazy od Viléma Kandlera z 2. pol. 19. století. Vrcholně barokní kazatelna* z doby po roce 1710 pochází z dílny pražského řezbáře Františka Preisse, v 90. letech 20. století byla bohužel ukradena její sochařská výzdoba a je dosud nezvěstná. Z vybavení kostela pochází i obraz sv. Petra a Pavla** (v současnosti uložený v depozitáři Arcibiskupství pražského) z doby po roce 1721, do roku 1816 hlavní oltářní obraz v původním kostele sv. Petra a Pavla; jeho vysoká výtvarná kvalita umožňuje zvažovat autorství Petra Brandla, který od konce 20. let 18. století skutečně pracoval na některých zakázkách pro oblast Kolínska. V presbytáři jsou dvě vitrážová okna z roku 1901 s vyobrazením sv. Václava a sv. Ludmily, namalované podle předlohy od Viléma Preise, kostelu je věnoval František Uher. Na kruchtě jsou varhany z roku 1880 od pražského varhanáře Karla Schiffnera.
Ve zvonovém patře věže je v dubové stolici zavěšen 45 cm vysoký zvon z roku 1664 od pražského zvonaře Mikuláše Löva z Lövemberku, původně zavěšený v sestavě tří zvonů ve věži již zaniklého kostela sv. Petra a Pavla, pro který nechal zvony pořídit hejtman poděbradského panství Liborius Lammers. Zvon je opatřen pětiramennou korunou, na čepci se nachází ornamentální vlys a páska s latinským nápisem: GOSS MICH NICOLAVS LOW IN PRAG (Lil mne Mikuláš Löw v Praze). Na hladkém plášti je umístěn latinský dedikační nápis: IN HONOREM B(EATEAE) V(IRGINIS) M(ARIE) ET S(ANCTI) MICHAELI ARCHANGELI HAEC CAMPANA ERECTA EST PROPRIS SVMPTIBVVS GEORGI OPOLSKI INCOLAE PAGI HVIVS CHOTAVN IN DOMI(NI)O S(UUM) C(AESAREA) M(AIESTA) PODIEBRADENSI SVB CAPITANEATV PRAENOBILIS. AC GENEROSI D(OMI)NI. LIBORY LAMERS ANNOD(OMI)NI MDCLXIV (Ku cti blahoslavené Panny Marie a sv. Michaela archanděla tento zvon zřízen jest vlastním nákladem Jiřího Opolského, osadníka této vsi Chotouně na panství Poděbradském za hejtmanství urozeného a statečného pana Liboria Lamerse léta Páně 1664).
Filiální kostel spadá pod správu Římskokatolické farnosti Pečky v Kolínském vikariátu. Bohoslužby se zde konají první a třetí sobotu v měsíci od 18:00 hodin v období platnosti letního času a od 16:30 hodin v období středoevropského (zimního) času.
Kostel sv. Prokopa byl s areálem bývalého hřbitova zapsán 31. 12. 1965 do Ústředního seznamu nemovitých kulturních památek ČR pod číslem 37988/2–729.
Bernau B.: Plaňany s okolím, str. 81 - 90. Vlastním nákladem, 1896.
Tůma J.: Paměti osad na Kouřimsku, str. 139 - 142. Nakladatelství J. L. Bayer Kolín, 1915.
Poche E. a kol.: Umělecké památky Čech 1. Praha, str. 530. Vydalo nakladatelství ČSAV Academia, 1977.
Horyna M.: Jan Blažej Santin-Aichel, str. 172, 242–244. Praha 1998.
Rišlink V.: Kouřim a okolí – průvodce po kulturních památkách, str. 75. Město Kouřim, 2000.
Rišlink V., Jouza L.: Baroko na Kolínsku I, str. 49 a 78 - 80. Regionální muzeum Kolín, 2001.
Macek P., Biegel R., Bachtík J.: Barokní architektura v Čechách, str. 307, 315 a 477. Nakladatelství Karolinum v Praze, 2015.