Záboří nad Labem je jednou z nejstarších osad v okolí Kolína. Pozdější písemné prameny kladou její založení do roku 1080, tedy do doby vlády knížete Vratislava. V lidové slovesnosti se předávají pověsti o existenci loveckého hrádku českých knížat, hypopteticky lze uvažovat o dvorci Miroslava z Cimburka, který si ho zde mohl vybudovat po založení sedleckého kláštera v roce 1142, žádné panské sídlo však nebylo dosavadními průzkumy v Záboří nad Labem doloženo. O vsi není žádná zmínka ani v listině z roku 1278, která potvrzuje prodej lesa Bor králem Přemyslem Otakarem II. Sedleckému klášteru.
Kolonizaci uzemí a založení vsi tedy zřejmě provedl až Sedlecký klášter někdy kolem roku 1300. První písemná zmínka o existenci obce pochází z roku 1338, kdy se uvádí, že ves Záboří drží klášter od roku 1301, kdy získal zdejší statek od Držislava z Kojic. V majetku Sedleckého kláštera zůstalo Záboří až do roku 1421, kdy byl klášter vypálen a jeho statky rozebrány. V roce 1436 (18.listopadu) zapsal císař Zikmund zboží kláštera Bedřichovi ze Strážnice, který tyto statky, včetně Záboří, připojil ke kolínskému panství. V majetku Kolína zůstalo Záboří až do roku 1636, kdy přešlo sňatkem na Bedřicha Kašpara Švihovského, majitele panství Nové Dvory, s jehož osudy bylo nadále spojené. V roce 1764 koupil novodvorské panství Jan Karel Chotek a v Chotkovské správě zůstala obec až do zrušení patrimoniální správy v roce 1848. Od roku 1850 dodnes spadá obec do okresu Kutná Hora.
Josef Mazač (* 1. 10. 1813 Záboří nad Labem - † 15. 1. 1896 Kutná Hora) - profesor, školní inspektor a od roku 1857 první ředitel c. k. vyšší reálky v Kutné Hoře.
Eduard Weyr (* 21. 6. 1852 Praha - † 23. 7. 1903 Záboří nad Labem) -významný český matematik, pedagog a rektor české techniky, člen Jednoty českých matematiků, Královské české společnosti nauk a České akademie věd a umění, dopisující člen Jihoslovanské akademie věd a umění v Záhřebu a řádný člen matematické společnosti v Moskvě.
Jaroslav Bidlo (* 17. 11. 1868 Záboří nad Labem - † 1. 12. 1937 Praha) - český historik, profesor východoevropských dějin na Univerzitě Karlově.
Václav Freyn (* 31. 8. 1877 Záboří nad Labem - † 11. 10. 1907 Praha) - středoškolský profesor a spisovatel, autor dramat, povídek, fejetonů a reportáží s milostnou problematikou.
Původ názvu obce je odvozeno od místa jejího založení - tedy za lesem Bor (v záboří), zvaného též Markový les.
Podvýborem pro heraldiku a vexilologii Poslanecké sněmovny Parlamentu České republiky byl dne 19. února 1998 usnesením č. 45 schválen znak a prapor obce. Znak obce tvoří stříbrno-modře dělený štít, v horní stříbrné části je vykořeněný zelený dub, v modré spodní části je zlatý žalud provázený přivrácenými stříbrnými hlavami psů - věžníků s červenými jazyky a zlatými trnovými obojky. Vlajku tvoří pět vodorovných pruhů, zelený, bílý, modrý, bílý a zelený, v modrém pruhu je žlutý žalud mezi dvěma přivrácenými bílými hlavami psů věžníků s červenými jazyky a žlutými trnovými obojky.
Záboří nad Labem je samostatnou obcí, jejíž součástí je obec Habrkovice. Katastrální výměra činí 8,91 km² a žije zde 840 stálých obyvatel (1. ledna 2016).
Záboří nad Labem leží 11 kilometrů východně od Kolína v nadmořské výšce 203 metry.