Ves založil kolem roku 1278 na prastaré obchodní cestě zvané Haberská Sedlecký klášter pod názvem Bor Svaté Kateřiny, ale první písemná zmínka je až z roku 1395, kdy se v Kolínských knihách vzpomíná Jindřich od Svaté Kateřiny. V roce 1407 zastavil klášter ves Kateřině Anně z Házmburka s podmínkou, že po její smrti se opět vrátí do majetku kláštera. Kateřina zemřela v roce 1419, ale v roce 1420 zastavil ves císař Zikmund za pomoc proti husitům Habartovi z Adlaru. V roce 1436 připadla Svatá Kateřina ke kolínskému panství Bedřicha ze Strážnice. S kolínským panstvím připadla ves roku 1459 Jiřímu z Poděbrad a v roce 1472 přešla do majetku Hynka Minsterberského. V roce 1486 připadlo zboží královské koruně, v jejímž držení bylo s výjimkou let 1502–06, kdy bylo panství zastaveno Mikuláši Trčkovi z Lípy, až do roku 1593. V tomto roce vzniká novodvorské panství Kašpara Melichara ze Žerotína a Svatá Kateřina byla do tohoto panství začleněna. Jelikož obyvatelé Svaté Kateřiny se většinou hlásili k protestantským evangelickým církvím, po roce 1628 mnozí obec opustili, neboť odmítli přijmout katolickou víru. V roce 1660 se uvádí, že ve vsi je 13 pustých gruntů a několik chalup. V roce 1890 byla přes obec postavena silnice z Nových Dvorů do Týnce nad Labem.
Součástí panství Nové Dvory byla Svatá Kateřina až do zrušení patrimoniální správy po roce 1848, kdy se stala samostatnou obcí a přiřazena byla do okresu Kutná Hora. Od roku 1960 se stalo součástí (tehdy "střediskové obce") Mikuláš, dnes Svatý Mikuláš, jehož součástí je dodnes.
Josef Švejk (* 8. června 1869 Svatá Kateřina - † 18. 11. 1939 Svatá Kateřina) - starosta Svaté Kateřiny, místopředseda zemědělského spolku v Kutné Hoře a člen okresního zastupitelstva, jako agrární politik byl v letech 1907-18 poslancem Říšské rady, od roku 1919 předsedou správní rady rolnického akciového cukrovaru v Ovčárech, tehdy napsal publikaci o dějinách českého řepařství a cukrovarnictví.
Původ názvu obce se odvozuje od zasvěcení místního kostela sv. Kateřině, za socialismu se v letech 1950-90 obec jmenovala pouze Kateřina.
Svatá Kateřina je administrativní součástí obce Svatý Mikuláš, její vlastní katastrální území činí 7,18 km².
Svatá Kateřina leží na Černé strouze, 10 kilometrů jihovýchodně od Kolína v nadmořské výšce 206 metrů.