Vesnice se připomíná ve svatoprokopských legendách z 11. století jako rodiště sv. Prokopa, zakladatele a prvního opata Sázavského kláštera, který se zde narodil kolem roku 978. V období raného středověku patřila Chotouň pod správu kouřimského hradu. První písemná zmínka o vsi (Cothun) je až z roku 1249, kdy patřila Arcibiskupství olomouckému, které ji udělilo v léno Havlovi z Lemberka (manželovi Zdislavy z Lemberka, později svatořečené). V roce 1330 vysadilo biskupství ves dědičným emfiteutickým právem a její správu svěřilo rychtáři Řehákovi. V roce 1437 získal Chotouň Jiří z Poděbrad a k poděbradskému panství, které od roku 1495 náleželo České královské komoře, patřila až do až do zrušení patrimoniální správy v roce 1848. V období třicetileté války (1632) vesnici vydrancovalo a vypálilo císařské vojsko, ale v polovině 17. století již byla znovu vystavěna. Kolem roku 1750 se zde vzpomíná 16 usedlostí a počet obyvatel vzrostl do 1. poloviny 20. století na 500.
Obec je významným místem spojeným se svatoprokopskou legendou, se svatoprokopským mkultem jsou spojena tato místa: studánka Prokopka se „zázračnou vodou“ (každopádně pitnou, obecní úřad její kvalitu pravidelně sleduje pomocí rozborů), Prokopský dvůr s oknem do místnosti, kde se měl narodit sv. Prokop, kostel sv. Prokopa od barokního architekta Jana Blažeje Santiniho-Aichla a mohyla, která podle místní legendy vznikla tak, že zde Prokop oškrábl hlínu z pluhu, když dooral Čertovu brázdu.
v roce 1996 byly 2/3 obce prohlášeny památkovým ochranným pásmem a v roce 2000 byla Chotouň navržena k vytvoření vesnické památkové zóny z důvodu zachování zajímavé a komplikované půdorysné struktury, na které se dochovaly domy s téměř „městskými“ proporcemi.
Svatý Prokop (* 985 ? Chotouň - † 25. 3. 1053 Sázava) - český zemský patron a první český světec, který byl v roce 4. 7. 1204 svatořečen v Římě. Podle legendy se v Chotouni narodil Vítovi (Vojslavovi) a Boženě (Svatě), což dokládá ve svém zápisu z 60. let 12. století Kosmův pokračovatel, tzv. „Mnich sázavský“ těmito slovy: heremita Procopius nomine, natione Boemicus de villa Chotun (poustevník jménem Prokop, rodilý Čech ze vsi Chotouně). Jako místo jeho narození se uvádí tzv. Prokopský dvůr, ležící v bezprostřední blízkosti dnešního kostela. Vzdělání získal na Vyšehradě ve škole se slovanským jazykem, stal se knězem, oženil se a měl syna Jimrama, který se později stal jeho společníkem v mnišském životě. Část života prožil Prokop jako mnich v benediktýnském klášteře v Břevnově a po vyvraždění Slavníkovců žil jako poustevník v jeskyni v dnešním Prokopském údolí u pražských Jinonic. Ve stropě jeskyně byl podle starších záznamů malý otvor, kterým dle pověsti vylétli ven čerti, když Prokop vstoupil dovnitř. Ukazovaly se tam i vyhlazené dolíčky a prohlubně ve skále, kde si čert z dlouhé chvíle brousíval drápy tak pilně, až vybrousil v kamení důlky. V jeskyni Prokop prý sepsal svaté evangelium, jež se dostalo do Francie, kde na ně při korunovaci přísahali francouzští králové („texte du sacre“). Jeskyně s přilehlým poutním areálem byla zničena při těžbě vápence těsně před rokem 1880. Z těchto míst Prokop odešel do lesnaté krajiny v Posázaví, kde žil asketickým životem a tvrdě pracoval: mýtil les a obdělával takto získanou půdu. Právě v té době prý také okolní lidé Prokopa spatřili, jak vyorává s čertem, zapřaženým do pluhu a popoháněným křížem v jeho pravici, hlubokou brázdu mezi Sázavou a rodnou Chotouní, které se dodnes říká Čertova brázda. Kolem roku 1030 potkal v lesích Prokopa kníže Oldřich. Když zjistil poustevníkovy výtečné vlastnosti, zvolil si ho za rádce a zpovědníka. Protože Prokop viděl úpadek slovanské bohoslužby v Čechách, chtěl založit klášter se slovanskou liturgií. Oldřich jeho plány schvaloval a slíbil mu podporu, proto kolem sebe shromáždil Prokop slovanské kněze a v roce 1032 založil v údolí řeky Sázavy klášter, jehož se stal prvním opatem. Prokop byl neobyčejný muž a vynikající vůdce na cestě ke křesťanské dokonalosti. Neušel pokušení zlého ducha, ale nástrahám odpíral srdnatě a utvrdil se v pokoře a sebezapírání. Byl vždy veselé tváře a plný dobrotivosti ke všem lidem, podřízení jej více milovali nežli se ho báli. Po smrti byl pochován nejdříve v Sázavském klášteře, ale roku 1588 byly jeho tělesné pozůstatky slavnostně přeneseny do Prahy, kde jsou uloženy v kostele Všech svatých na Hradě. Drobné ostatky jsou dále uchovávány v kostele sv. Petra a Pavla v Broumově a v kostele Panny Marie v Sázavě.
Svatý Prokop, Čech, pocházel z urozených rodičů. Jeho otec se jmenoval Vojslav, matka Svata. A jako si přál moudrý Šalamoun nemít ani bohatství ani chudobu, tak se i jeho trpěliví rodiče rozhodli žít skromně a správně a nanejvýš milovat Boha. Z nich vzešel svatý Prokop, který pochází z území kouřimského, z vesnice, jejíž obvyklé jméno v národním jazyce je Chotouň. (Legenda aurela – dodatek z 2. pol. 14. století).
Václav Luka (*13. 7. 1958 Praha) - soukromý zemědělec, chovatel a majitel 55 koní včetně vítězného koně 106. ročníku Velké pardubické z r. 1996. Prezident Jockey Clubu České republiky.
Název obce je slovanského původu a vznikl odvozením od osobního jména Chotúň.
Chotouň je administrativní součástí obce Chrášťany, jeho vlastní katastrální území činí 5,66 km².
Chotouň leží 18 kilometrů západně od Kolína v nadmořské výšce 260 metrů.