První zmínka o mlýně je z roku 1578, kdy přes protesty pardubického hejtmana koupil mlýn Jan Libenický z Vrchovišť. V roce 1615 ho vlastnil Petr Šusterka, jehož rodině patřil ještě v roce 1727. Při podskalském mlýnu zřejmě byla v 80. letech 18. století i pila, jak se dá usuzovat ze starých záznamů. 23. dubna 1763 mlýn i se špýcharem vyhořel. V roce 1722 byl nájemcem Podskalského mlýna Andreas Kross z Kutné Hory a v roce 1786 František Housa, jehož syn byl posledním opatem Sedleckého kláštera. Čtyřicet let nato je mlýn charakterizován jako chatrný a na spadnutí. V tomto stavu jej 20. 2. 1826 ve veřejné dražbě koupil Václav Radimský. Aby mohl provést nákladné opravy, musel se spojit s Josefem Hudcem, což dokládá nápis ve mlýně: „S nákladem pana Ad. Václava Radimského, mlynáře týneckého a horeckého, a verkmistra Josefa Hudce, Léta Páně 1828.“
Od těchto majitelů koupili 1. 11. 1836 mlýn Václav a Antonie Pernerovi, kteří ho v roce 1846 přestavěli a roku 1849 také upravili obytné stavení. Stavbu vedl stavitel mlýnů F. Káš z Prahy. V zimě roku 1862 byl mlýn poškozen povodní a plovoucími ledy. V roce 1869 předal Václav Perner Podskalský mlýn svému synu Ferdinandovi. Později byl mlýn zrušen.
Bývalý mlýn je dnes čp. 142 na levém břehu Labe pod železniční zastávkou.
GPS: 50°2'16.100"N, 15°21'30.300"E