Původně kostel konventu Řádu menších bratří kapucínů, postavený podle návrhu řádového stavitele P. Bruna Budějovického (Bruna Budvicensis) v letech 1666-71, kdy dokončený svatostánek vysvětil v neděli 28. června pražský arcibiskup Matouš Ferdinand Sobek z Bílenberka. V roce 1719 byly střechy kostela pokryty prejzy a v letech 1739–41 došlo k větším úpravám. Ty setřel požár v roce 1796, po kterém musel být kostel prakticky znovu vystavěn a zastřešen (dendrochronologické datování krovu nad kostelem a presbytářem potvrdilo rok 1796), do interiéru lodi byla při té příležitosti vestavěna hudební kruchta. Vnitřní výmalbu klenby lodi provedl v roce 1799 Josef (?) nebo jeho bratr Václav Kramolín. V roce 1898 vypracoval kolínský stavitel Jan Sklenář návrh na novou úpravu fasády, který byl v roce 1899 realizován. Součástí úpravy průčelí byly i tři fresky (ve štítu byl údajně vyobrazen sv. František) a obraz sv. Trojice nad vchodem od kutnohorského malíře Václava Vysekala. Finální úprava fasád, která se použitou rustikou, tvarem oken a tvary štítů vymyká řádovým zvyklostem, pochází z přestavby v letech 1908–13. V roce 1926 byl kostel i celý klášter elektrifikován. Při obnově fasád v roce 1950 byly tři nástěnné obrazy v hlavní fasádě místo obnovy překryty soudobou omítkou. V rámci těchto úprav bylo ke vstupnímu průčelí přeneseno sousoší sv. Barbory a sv. Jana Nepomuckého a kašna. V roce 2019 došlo k právnímu odloučení klášterního kostela od budov konventu. Zatímco konvent zůstal v majetku kapucínského řádu, kostel přešel jako filiální pod správu Římskokatolické farnosti v Kolíně. V letech 2020-22 byla zpracovávána projektová dokumentace na celkovou obnovu interiérů a provedena celková obnova výmalby východní kaple sv. Josefa akademickou malířkou Hanou Slavíkovou, vitráž okna byla restaurována uměleckou sklenářskou hutí Jiřička-Coufal z Prahy.
Jednolodní, prostý, neorientovaný kostel postavený ve směru sever – jih s příčnou lodí na půdorysu latinského kříže, doplněnou na východní i západní straně dvojicí shodných obdélných kaplí a ukončenou dlouhým, odsazeným presbytářem, za kterým je v ose sakristie. Střechy kostela jsou sedlové, pokryté pálenou krytinou (prejzy), z hřebene střechy nad hlavní lodí vyrůstá na severním konci věžička s lucernou a bání cibulového tvaru, vrcholící kovaným křížem, uprostřed hřebene střechy presbytáře je sanktusník čtvercového půdorysu a jehlancovitou stříškou. Celá plocha fasády hlavního severního průčelí je členěna kvádrováním vyvedeným v omítce, v přízemí je prolomen hlavní vstup do kostela, jehož portál z červeného pískovce je raně barokní z roku 1671. Původní jsou i vstupní rámové dřevěné dveře, pobité železnými tabulemi a pásy. Nad vchodem je půlkruhové pole se špatně čitelným obrazem z roku 1899 od Václava Vysekala. Obraz je provedený na omítce a představuje Nejsvětější Trojici, tedy Boha Otce na nebesích nesoucího kříž s Kristem, ve vrcholu je zpodobněna holubice Ducha svatého. Po jeho stranách jsou pod římsou další dvě štuková pole, původně rovněž s nástěnnými obrazy. Nad korunní římsou, pokrytou střešní krytinou je vysoký trojúhelný štít rámovaný profilovanou římsou, v jehož ose je opět prázdný půlkruhový rám pro nástěnný obraz, vrcholící klenákem. Po obou jeho stranách a nad ním jsou umístěna malá sdružená půlkruhová okénka zapuštěná do fasády. Okna jsou rámována štukovými stylizovanými sloupky. Plocha fasády je žlutá, štukové rámy a římsy jsou natřeny bíle. Před průčelím je zbytek původní zdi atria tvořící stylizovanou předsíň (tzv. nartex), k západnímu rohu byla v roce 1994 přistavěna prodejna křesťanské literatury s vykrojeným nárožím, zdobeným pískovcovou skulpturou.
Interiér kostela je členěn na několik částí. Loď je sklenuta třemi poli valené klenby s nestyčnými výsečemi, oddělenými pasy, na severní straně doplněná konvexně vyklenutou varhanní kruchtou, nesenou dvojicí toskánských sloupů na soklech. Pod lodí se nachází krypta řádových bratří, zazděný vstup je v podlaze vyznačen černým křížem. Na loď na jižní straně navazuje vítězným obloukem oddělený zúžený presbytář, sklenutý valenou klenbou se styčnými výsečemi. Na západní straně presbytáře je velké obdélné okno, umožňující sledování bohoslužeb ze staré sakristie. Ta je zaklenuta valenou klenbou s pěticí nestyčných trojbokých výsečí s mírně vytaženými hřebínky. Nová sakristie je v ose presbytáře a je opatřena plochým stropem z 2. pol. 20. století, čímž nad ní vznikl další klenutý prostor. Na jižní straně presbytáře je oratoř, sklenutá stlačenou valenou klenbou s vytaženými hřebínky na plochých styčných výsečích. Na západní straně lodi je zpovědní místnost zaklenutá valenou klenbou se styčnými pětibokými výsečemi oddělenými pasy, jejichž patky jsou zdobeny trojicí kapek. Na střední pole lodi navazují z obou stran postranní kaple Panny Marie (na východní straně) a sv. Josefa (na západní straně) sklenuté valenými klenbami s dvojicí protilehlých styčných trojbokých výsečí. Kolem východní fasády obíhá spojovací chodba zaklenutá velmi stlačenou valenou klenbou, umožňující vstup do jednotlivých částí kostela a spojuje ho s přilehlým klášterem.
Všechny stěny interiéru jsou pokryty nástěnnými malbami různého stáří. Nestarší jsou pozůstatky malovaného iluzivního oltáře z doby po roce 1796, zjištěné sondami pod současnou omítkou na jižní stěně presbytáře. Většina výzdoby pak pochází z druhé fáze a tvoří ji unikátní a na Kolínsku zcela ojedinělá výmalba** pod uměleckým vlivem beuronské školy, provedená v roce 1903 pražským akademickým malířem Martinem Matoušem (doloženo nápisem v podkruchtí). V presbytáři jde o modrou zadní stěnu a klenbu, kterou doplňují zlaté hvězdy a zelenou barvou zvýrazněné hřebínky výsečí. V jejich lunetách jsou medailony s polopostavami andělů; anděl na východní stěně nese nápisovou pásku s textem PÁN S VÁMI a anděl na protější stěně s nápisem VZHŮRU SRDCE. Na západní stěně presbytáře je dále velké nápisové pole s textem: PANE JEŽÍŠI KRISTE SYNU BOHA/ SVÉHO, JENŽE JSI Z VŮLE OTCOVY/ SPOLU PŮSOBENÍM DUCHA SVATÉHO/ SMRTI SVOU SVĚT OŽIVIL OSVOBOD/ MNE SKRZE TOTO SVATÉ TĚLO A/ KREV SVOU ODE VŠECH NEPRAVOSTI/ MÝCH A ODE VŠEHO ZLÉHO, A UČIŇ/ ABYCH SE VŽDY ROZKAZU TVÝCH/ PŘIDRŽOVAL A NEDOPUST ABYCH/ KDY OD TEBE BYL ODLOUČEN. JENŽ/ S TÝMŽ BOHEM A OTCEM A DUCHEM/ SVATÝM ŽIV JSI A KRALUJEŠ BUH NA/ VĚKY VĚKŮV AMEN. Na modrém pruhu pod velkým textem je nápis: TĚLO PANA NAŠEHO JEŽÍŠE KRISTA. V západní boční kapli Panny Marie je to polopostava blahoslavené Milady v medailonu a v protilehlé východní boční kapli sv. Josefa pak polopostava sv. Ludmily. Malby v obou bočních kaplích jsou silně zlacené 24karátovým zlatem. V jednotném stylu vymaloval i zbylé stěny lodi kostela, pokryté ornamenty stylizovaných rozvilin odkazujících k antice a vykopávkám z Pompejí, napodobeninou obložení mramorem, zlacením a mozaikou. Ze třetí fáze pochází výmalba* z let 1913-14, kdy stávající malbu doplnil akademický malíř Jan Urban. Je autorem zástupu andělů (původně provedených zlatou barvou) kolem obrazu Nejsvětější Trojice v presbytáři, kteří se směrem vzhůru perspektivně zmenšují, šesti medailonů s polopostavami andělů ve výsečích klenby lodi a šesti lunetových obrazů s činy českých patronů. Zobrazují (od oltáře vpravo) sv. Vojtěcha žehnajícího české zemi, sv. Anežku Českou zakládající Anežský klášter, sv. Prokopa obracejícího pohany na víru, sv. Václava vykupujícího pohanské děti, sv. Jana Nepomuckého rozdávajícího chléb chudým a sv. Ludmilu zavražděnou na Tetíně.
Většina jednotného vybavení kostela jev pseubobyzantském stylu a v letech 1914-16 ho dodala firma bratří Bušků ze Sychrova. Hlavní oltář tvoří původní zděná menza (s dochovanou výlevkou v zadní stěně), nesoucí dřevěnou predelu s centrálním reliéfem žehnajícího Krista, po jehož stranách jsou dvojice reliéfů církevních otců, ukončenou půlkruhovou architekturou s reliéfem Beránka božího a vrcholící Krucifixem s Kristem králem. Po stranách jsou sochy sv. Cyrila a sv. Metoděje. Nad oltářem visí obraz Nejsvětější Trojice z roku 1903 od Martina Matouše (signován). Z dílny bratří Bušků pochází i oba boční oltáře vedle vítězného oblouku, a to Nejsvětějšího srdce Panny Marie (na západní, epištolní straně) a Nejsvětějšího srdce Ježíšova (na východní, evangelijní straně). Při západní stěně lodi je pseudobarokní kazatelna na noze z roku 1869, řečniště zdobí obrazy čtyř evangelistů pravděpodobně od kutnohorského malíře Václava Vysekala. Půlkruhovou arkádou se do západní stěny lodi otevírá kaple Panny Marie s oltářem od bratří Bušků, zdobený reliéfy Zvěstování Panně Marii a Narození Krista, v nice oltářního nástavce byla původně umístěna milostná socha P. Marie, kterou kapucínům daroval klášter v Sedleci u Kutné Hory. Nad retáblem je na stěně obraz sv. Františka z Assisi od Viktora Foerstera z roku 1904, nesený dvojicí řezaných andělů rovněž z dílny bratří Bušků. Protilehlá kaple sv. Josefa ve východní stěně je rovněž vybavena zařízením od bratří Bušků, na oltáři jsou reliéfy Útěk do Egypta a Svatá rodina, v půlkruhovém retáblu je starší obraz sv. Jáchyma, sv. Annou a P. Marií v dětském věku z roku 1853 opatřená monogramem S. R. po stranách obrazu je dvojice stojících andělů, nesoucích nápisové desky PAMÁTCE PADLÝCH HRDINŮ a 1914-1915-1916. V kapli jsou dále sochy sv. Josefa s Ježíškem v náručí, sv. Antonína s Ježíškem a sv. Felixe s Ježíškem. V podkruchtí jsou sochy sv. Kryštofa a sv. Antonína z 20. let 20. století od Břetislava Kafky z Červeného Kostelce a po obvodu lodi je zavěšeno 12 obrazů se zastavením Křížové cesty od řezbáře Franze Tomaschu z doby kolem roku 1910. Ve staré sakristii jsou tři velké vestavěné barokní skříně na ornáty a bohoslužebné náčiní z 18. století, dveře v jižní stěně mají vyrytý monogram A. W. a letopočet 1831. Na kruchtě jsou varhany z roku 1916 od kutnohorského varhanáře Jana Tučka, v roce 2013 byly opraveny varhanářem Ivanem Bokem. V sanktusníku nad presbytářem se dochoval zvon z roku 1797, ulitý pražským zvonařem Janem Václavem Kühnerem, zdobený vavřínovými girlandami, reliéfem sv. Trojice a nápisem: 1797 I(OHANN) W(ENZEL) K(ÜHNER).
Filiální kostel spadající pod správu Římskokatolické farnosti Kolín v Kolínském vikariátu. Bohoslužby se konají každý den.
Kostel Nejsvětější Trojice je v majetku Římskokatolické farnosti Kolín a spolu s celým areálem (konventem Řádu menších bratří kapucínů, sochou sv. Jana Nepomuckého, ohradní zdí, tzv. žebráckou zídkou před kostelem, sousoším sv. Jana Nepomuckého a sv. Barbory a kašnou) zapsán 31. 12. 1965 do Ústředního seznamu nemovitých kulturních památek ČR pod číslem 33526/2–736.
Poche E. a kol.: Umělecké památky Čech 2. Praha, str. 87. Vydalo nakladatelství ČSAV Academia, 1978.
Záhorka J.: Klášterní kostel Nejsvětější Trojice v Kolíně, nedestruktivné stavebněhistorický průzkum, 2020.
Kostel Nejsvětější Trojice stojí spolu s konventem Řádu menších bratří kapucínů na Kutnohorském předměstí na křižovatce ulic Kutnohorská, Mostní a Politických vězňů.
GPS: 50°1'36.088"N, 15°12'13.681"E
Přístupné po dohodě