U zrodu kláštera kapucínů v Kolíně stálo samotné město, neboť radní se dopisem z 20. října 1660 obrátili na provinciála kapucínského řádu P. Samuela Greifenfelsa, aby do Kolína vyslal řeholníky na výpomoc při duchovní obnově. Žádosti bylo vyhověno na sjezdu představených kapucínského řádu v Pasově 18. května 1661 a do Kolína byli vysláni dva kapucínští bratři Vojtěch Václav Celler (rodák z Kolína) a Ladislav Perlenec, záměr schválil v roce 1661 arcibiskup Arnošt Vojtěch z Harrachu a v roce 1662 i císař Leopold I. Kapucíni se ubytovali zprvu v malém domku na rohu dnešní Rubešovy ulice a věnovali se shromážďování peněz na stavbu kláštera a klášterního kostela, na který přispěli z okolních šlechticů zejména Eleonora Nosticová z Lobkovic, Zuzana Čábelická ze Soutic, Adam Schofmann z Hammerlesu na Konárovicích, Bedřich z Trauttmansdorfu, Václav Jiří Holický ze Šternberka na Radovesnicích a další. Dne 31. května 1664 byla sice uzavřena smlouva na zakoupení pozemků před Horskou bránou, ale jelikož zatím nebyl dostetčný obnos pro zahájení stavby, dne 13. října 1664 povolil arcibiskup Harrach zřídit v domku, kde bydleli mniši, provizorní kapli k provádění bohoslužeb.
Základní kámen k novostavbě konventu byl položen až v roce 1666, autorem projektu v raně barokním stylu byl řádový stavitel P. Bruno z Českých Budějovic. Již v zimě 1667 bylo jedno křídlo dokončeno tak, že se do kláštera oba mniši mohli přestěhovat, městská voda byla do kláštera zavedena až v roce 1672. Klášter byl stejně jako klášterní kostel Nejsvětější Trojice přestavěn v letech 1739–41 a po požáru v roce 1796, který těžce celý areál poškodil.
Klášter byl uzavřen v roce 1950 a po adaptaci v letech 1950–53 v něm byl do roku 1990 umístěn internát obchodní akademie. V roce 1991 byl klášter navrácen České provincii řádu kapucínů, kteří ho v roce 1992 pronajali jezuitskému řádu Milosrdných dratří. Do roku 2012 sloužil jako noviciát a od roku 2002 jako Centrum spirituality a duchovních cvičení (tzv. exerciční dům), které provozoval řád jezuitů společně s Akademickou farností Praha a řeholními sestrami z pražského Karmelu Edith Stein. V roce 2019 došlo k právnímu odloučení klášterního kostela od budov konventu. Zatímco kostel přešel do majetku Římskokatolické farnosti v Kolíně, konvent zůstal v majetku kapucínského žádu. Ten ho v témže roce pronajal do užívání zapsaného ústavu Kolínský klášter - centrum spirituality a duchovních cvičení, který založila Česká křesťanská akademie. V klášteře nežije komunita mnichů, jeho prostředí je určeno pouze pro duchovní cvičení.
Konvent tvoří jednopatrové budovy (stavěné do půdorysu písmene F = František z Assisi) navazují na závěr kostela, který uzavírá takto vzniklý čtvercový rajský dvůr, obklopený přízemním ambitem. Ve východním křídle je velký refektář klenutý valenou klenbou, v jižním křídle je kuchyně a cely mnichů jsou uspořádány v prvním patře. Celková podoba kláštera se plně podřizuje řádovým předpisům, vycházejícím ze vzorového projektu P. Antonia z Pordenone z roku 1603 a v souladu s pravidly kapucínské řehole tak má konvent i kostel velmi skromnou architektonickou dispozici a uměleckou výzdobu. Uprostřed rajského dvora stojí druhotně umístěná socha sv. Jana Nepomuckého.
Kapucínský klášter byl s celým areálem (kostelem Nejsvětější Trojice, sochou sv. Jana Nepomuckého, ohradní zdí, tzv. žebráckou zídkou před kostelem, sousoším sv. Jana Nepomuckého a sv. Barbory a kašnou) zapsán 31. 12. 1965 do Ústředního seznamu nemovitých kulturních památek ČR pod číslem 33526/2–736.
Poche E. a kol.: Umělecké památky Čech 2. Praha, str. 87. Vydalo nakladatelství ČSAV Academia, 1978.
Kapucínský klášter čp. 26 stojí spolu s kostelem Nejsvětější Trojice na Kutnohorském předměstí v těsném sousedství historického jádra města.
GPS: 50°1'34.703"N, 15°12'12.240"E
Přístupné po dohodě