První písemná zmínka o obci pochází z rejstříku papežských desátků z května 1352 a původně stávala v okolí kostela sv. Martina a byla součástí manských statků Hájků z Chrástu, sídlících na tvrzi Chrást. V 70. letech 14. století přešly do majetku arcibiskupského distriktu Biskupského (dnes Českého) Brodu, v roce 1380 se uvádí jako jeden z držitelů patronátního práva ke zdejšímu kostelu pražský arcibiskup Jan z Jenštejna. V roce 1382 zaznamenal pokladník Záviš výběr daní v Kozojedech arcibiskupským purkrabím českobrodské tvrze Petrem Libňovcem z Libkovic. Jelikož se však na původním místě ztrácela voda, osídlení se ještě na konci 14. století přesunulo ke zdroji pitné vody o asi 750 metrů jihovýchodně. V roce 1451 král Ladislav Pohrobek zastavil Kozojedy Zdeňkovi z Postupic, kterému v roce 1453 postoupil Oldřich z Kramolina 15 kop ročního platu na Kozojedech. V roce 1543 byl majitelem vsi Vilém Sviták z Landštejna, takže v tomto období patřily Kozojedy po blíže neurčenou dobu k landštejnskému panství Tuchoraz. S ním se v roce 1579 staly součástí nejprve smiřického a později lichtenštejnského černokosteleckého panství, jehož součástí byly až do zrušení patrimoniální správy v roce 1848.
V letech 1850-68 náležely Kozojedy do okresu Černý Kostelec (Kostelec nad Černými lesy), 1868 - 1960 do okresu Český Brod, v letech 1960 - 2007 do okresu Kolín a po poslední reorganizaci státní správy v roce 2007 připadly do okesu Praha-východ.
Název obce náleží k posměšným toponymům (obdobně jako v regionu např. názvy obcí Zibohlavy, Solopysky, Oplany, Konojedy nebo Masojedy) a přidělili mu ho obyvatelé z okolí. Odvozuje se od toho, že zdejší obyvatelé rádi pojídali kozí maso. Název byl v průběhu staletí ustálený, setkáváme se s psanou podobou Kozoged (1352), Kozogied (1384), Kozogedi (1542), Kozogedy (1654) a od roku 1720 pak současné Kozojedy. Mezi místními se vypráví romantická pověst o jistém rytíři Kozojídkovi, který sloužil v družině pána na hradě Šember. Ten padl do oka hradní paní, jelikož ale odolal jejím svodům, paní svou přízeň věnovala jinému členovi družiny. Ten potom Kozojídka očernil, že chce paní unést, proto se rytíř rozhodl raději z hradu uprchnout, byl však dopaden v místech dnešního kostela a na místě byl popraven. Vesnici pak měli pojmenovat na jeho památku.
Zdroj: http://kolinsky.denik.cz/zpravy_region/ko_hist_kozojedy20091124.html
Podvýborem pro heraldiku a vexilologii Poslanecké sněmovny Parlamentu České republiky byl dne 24. února 2011 usnesením č. 13 schválen znak a prapor obce. Znak tvoří červeno-modře polcený štít se zlatým kráčejícím kozlem nad položenou stříbrnou šavlí se zlatým jílcem, vlevo nahoře doplněný knížecí korunou. Šavle odkazuje na zasvěcení kostela, šavlí totiž svatý Martin odřezal kus svého pláště, aby obdaroval zimou trpícího žebráka, knížecí korunka ve znaku pak odkazuje na poslední významné vlastníky obce, knížecí rodinu z LichtenštejnaVlajku tvoří tři svislé pruhy, modrý s knížecí korunou v horní části pruhu, žlutý a červený v poměru 2 : 1 : 1.
Kozojedy jsou samostatnou obcí, katastrální výměra činí 7,16 km² a žije zde 924 stálých obyvatel (1. ledna 2019).
Kozojedy leží 3,5 kilometru západně od Kostelce nad Černými lesy (28 kilometrů západně od Kolína) v nadmořské výšce 368 metrů.